Ένα ζήτημα που άναψε φωτιές μεταξύ του Υπουργού Παιδείας και της Εκκλησίας δημιουργήθηκε, όταν απαγορεύτηκε στον Μητροπολίτη Μεσογαίας και Λαυρεωτικής Νικόλαο και στον Μητροπολίτη Νέας Ιωνίας Γαβριήλ, να επισκεφθούν σχολεία και να μιλήσουν σε μαθητές όπως συνήθιζαν. Προκλήθηκαν έντονες αντιδράσεις όχι μόνο σε θρησκευτικό αλλά και σε πολιτικό επίπεδο, με τον υπουργό Παιδείας Ν. Φίλη από το βήμα της Βουλής να μιλά για την ανάγκη δημιουργίας «κοσμικού, δημοκρατικού σχολείου», υποστηρίζοντας πως «το σχολείο δεν είναι δυνατόν να δίνει βήμα μαθήματος σε οποιονδήποτε τρίτο παράγοντα που δεν είναι εκπαιδευτικός».

Σε άλλη τοποθέτησή του ο κ. Φίλης επιχείρησε να ρίξει τους τόνους, αναφερόμενος σε σχετική εγκύκλιο η οποία «δεν αφορά συγκεκριμένο πρόσωπο. Αντιθέτως θέτει γενικούς κανόνες, ώστε το σχολείο να μην μετατραπεί σε θέατρο αντιπαραθέσεων και κηρυγμάτων με πρωταγωνιστές εξωσχολικούς παράγοντες. Είναι ανάγκη να διασφαλιστεί η ηρεμία και το σχολικό ήθος μέσα στην αίθουσα. Εξωσχολικοί παράγοντες π.χ. εκπρόσωποι της Εκκλησίας, της τοπικής αυτοδιοίκησης και άλλων κοινωνικών φορέων μπορούν να παρευρίσκονται σε εκδηλώσεις στο χώρο του σχολείου όχι όμως σε ώρα μαθήματος».

Ο Αρχιεπίσκοπος Αθηνών και Πάσης Ελλάδος Ιερώνυμος με επιστολή του προς τον Πρωθυπουργό στις 3 Μαρτίου εξέφρασε την έντονη ενόχληση τόσο του ιδίου ως Προέδρου της Διαρκούς Ιεράς Συνόδου, όσο και των Μητροπολιτών - μελών της, για την συγκεκριμένη απαγόρευση των επισκέψεων Μητροπολιτών στα σχολεία. Περίπου ένα μήνα μετά, την 1η Απριλίου, ο κ. Τσίπρας απάντησε με τρισέλιδη επιστολή - την οποία έφερε στη δημοσιότητα το "Πρώτο Θέμα", στην οποία είναι αξιοσημείωτο ότι κάνει ιδιαίτερα θερμές αναφορές τόσο για την Εκκλησία όσο και για τους ιερείς.

«Θέλω λοιπόν να σας διαβεβαιώσω ότι τα εκπαιδευτικά ιδρύματα της πατρίδας μας ήταν και θα είναι πάντοτε ανοιχτά εις τους εκπροσώπους της Εκκλησίας» σημειώνει ο Πρωθυπουργός «με απεριόριστη εκτίμηση και σεβασμό» προς τον Αρχιεπίσκοπο, προσθέτοντας ότι «δε θα αφήσουμε ασήμαντες αφορμές να διαρρήξουν το πνεύμα καλής διάθεσης και ειλικρινούς συνεργασίας».

Επισημαίνει, ασφαλώς, ότι σχετική εγκύκλιος ορίζει τις απαιτούμενες ενέργειες για την πραγματοποίηση παρόμοιων επισκέψεων «και ως δύναμαι να γνωρίζω, αυτονοήτως η εν λόγω εγκύκλιος παρέχει και στην Εκκλησία της Ελλάδας, τη δυνατότητα να παρίστανται εκπρόσωποί της στο χώρο των σχολείων, στο πλαίσιο σαφών και λειτουργικών κανόνων και με σεβασμό στο ωρολόγιο πρόγραμμα, σε συνεργασία και σε συνεννόηση πάντοτε με τις αντίστοιχες διευθύνσεις σχολικών μονάδων ή και σε συνεργασία με τις αντίστοιχες σχολικές Επιτροπές».

Ειδικότερα ο Πρωθυπουργός εκφράζει «το σεβασμό και τις ευχαριστίες εκ μέρους της Ελληνικής Κυβερνήσεως, για τις άοκνες προσπάθειες της Εκκλησίας της Ελλάδας να σταθεί δίπλα στους συνανθρώπους μας που αντιμετωπίζουν ισχυρές δυσκολίες, ιδιαίτερα την περίοδο της κρίσης, αλλά και ειδικότερα δίπλα στους πρόσφυγες και μετανάστες που έρχονται στη πατρίδα μας», χαρακτηρίζει αξιέπαινη τη στάση της Εκκλησίας, ενώ σημειώνει ότι «η αρωγή που η κορυφή της, μα και μεμονωμένοι ιερείς προσφέρουν, στους δοκιμαζόμενους από την οικονομική κρίση συμπολίτες μας και στους πρόσφυγες συνανθρώπους μας, δεν μπορεί παρά να εκτιμάται υψηλά.

Συνιστά δε συνέχεια του προσωπικού παραδείγματος ιερέων που στο διάβα της Ιστορίας στάθηκαν αρωγοί των μεγάλων αγώνων του λαού μας». Ο κ. Τσίπρας τονίζει, τέλος, ότι για την υπέρβαση των δυσκολιών «η ειλικρινής συνεργασία καθώς και η ανταλλαγή απόψεων μεταξύ Πολιτείας και Εκκλησίας αποτελεί θετική προϋπόθεση και καταλύτη».