Η κορυφή της Ιεραρχίας ήταν ενήμερη για τις αλλαγές στα Θρησκευτικά, υποστήριξε στον Αlpha 989, μιλώντας με τον Σπύρο Χαριτάτο, ο Μάριος Μπέγζος, καθηγητής του τμήματος Θεολογίας -και κοσμήτορας της Θεολογικής Σχολής- του Πανεπιστήμιου Αθηνών, ο οποίος είναι μέλος της ειδικής εκπαιδευτικής επιτροπής για το μάθημα των θρησκευτικών. «Όσα εξέφρασε ο κύριος Φίλης είχαν συμφωνηθεί, είχαν συζητηθεί και στην Ιερά Σύνοδο ενώπιον 12 ιεραρχών, ήμουν αυτόπτης μάρτυρας», πρόσθεσε χαρακτηριστικά.

Εξήγησε ότι «ο κ. Φίλης ανέθεσε στο Ινστιτούτο Εκπαιδευτικής Πολιτικής να συγκροτήσει μια επιτροπή για το μάθημα των θρησκευτικών. Η πρόταση είχε γίνει αποδεκτή, τα μέλη να πάνε στον ίδιο τον κ. Ιερώνυμο και έγινε αυτή η συνάντηση και του είπαμε να γίνει και 2η συνάντηση της Εκκλησίας με το υπουργικό συμβούλιο και έγινε. Ο Αρχιεπίσκοπος έθεσε 3 σημεία που έγιναν δεκτά. Τον υποχρεωτικό χαρακτήρα του μαθήματος, να μην μειωθούν οι ώρες διδασκαλίας και επίσης τον ορθόδοξο χαρακτήρα, που έγινε αποδεκτός, αλλά σε μια κοινωνία δεν μπορούμε να διδάσκουμε μονομερώς, γιατί είναι σαν να κάνουμε προσηλυτισμό. Έγιναν αποδεκτά όλα αυτά. Είμαι και εγώ μέλος της επιτροπής. Δεν υπήρξε λόγος αντίδρασης γι’ αυτό το τρίπτυχο».

Αναφερόμενος συγκεκριμένα στον Αρχιεπίσκοπο είπε πως "...πρέπει να ρίχνει νερό και όχι λάδι στη φωτιά...Προσπαθεί με πολύ καλή θέληση να εκφράσει ως κεφαλή της Εκκλησίας και να συμπυκνώσει ένα γενικότερο αίσθημα, που είναι αρνητικό... και σωστά φέρνει το θεμα στην Ιεραρχία, ώστε να μεσολαβήσει χρόνος και να γίνουν και από την πλευρά της κυβέρνησης βήματα ώστε να μπορέσει να ισορροπήσει την κατάσταση. έχοντας την τελευταία λέξη".

Ο καθηγητής Συγκριτικής Φιλοσοφίας της Θρησκείας υποστήριξε πως «όταν εκφέρει κάποιος συντηρητικό λόγο έχει περισσότερες πιθανότητες να γίνει αρεστός και θαυμαστός» τονίζοντας ότι «δεν μπορεί να έχουμε από τη μια γέφυρες και από την άλλη τείχη».

Ο κ. Μπέγζος εκτίμησε ότι «ευτυχώς υπάρχει περιθώριο χρόνου να αποκατασταθούν τα πράγματα και η Ιεραρχία να αποκαταστήσει τη στάση της και το υπουργείο να υιοθετήσει αυτό που ο ίδιος ο υπουργός είπε, να βάλει το θέμα «στο ψυγείο».  Δηλαδή να εφαρμοστεί το πρόγραμμα πιλοτικά, να επιμορφωθούν οι εκπαιδευτικοί και του χρόνου να το δούμε».

Ο ίδιος πάντως αναρωτήθηκε για το "αν το παλαιό πρόγραμμα σπουδών για τα θρησκευτικά ήταν καλό ποιός ήταν ο καρπός του; Το 5% των Ελλήνων που πάνε εκκλησία ή στα πανηγύρια; Δεν είναι καιρός να δοκιμάσουμε κάτι άλλο και να το κρίνουμε;"