Σε συνέντευξη του στην "Καθημερινή" ο υπουργός Παιδείας, Νίκος Φίλης αναφέρθηκε εκτεταμένα τις σχέσεις Πολιτείας-Εκκλησίας λέγοντας πως αυτές είναι συνταγματικά προσδιορισμένες αφήνοντας όμως περιθώριο για αλλαγή τους καθώς, όπως είπε "...εν όψει της συνταγματικής αναθεώρησης θα συζητήσουμε την ανάγκη να αποσαφηνιστούν οι εκατέρωθεν διακριτοί ρόλοι προς όφελος του λαού. Υπάρχει πάντοτε βέβαια η δυναμική των εξελίξεων, όπως τώρα που η Εκκλησία δραστηριοποιείται με φιλανθρωπική δράση για την αντιμετώπιση του προσφυγικού".

Περνώντας στο φλέγον θέμα της διδασκαλίας του μαθήματος των Θρησκευτικών τόνισε πως "το μάθημα των Θρησκευτικών πρέπει να αναμορφωθεί και ήδη στο Ινστιτούτο Εκπαιδευτικής Πολιτικής έχουν εκπονηθεί πιλοτικά προγράμματα προκειμένου τα Θρησκευτικά να πάψουν να είναι ομολογιακό μάθημα και να γίνουν μάθημα γνώσης των θρησκειών, με έμφαση στην ιδιαίτερη παρουσίαση του πολιτισμικού ρόλου της Ορθοδοξίας στη χώρα μας. Είμαστε σε διάλογο με εκπροσώπους της Εκκλησίας. Είναι προφανές ότι η αναμόρφωση των Θρησκευτικών είναι προϋπόθεση για να παραμείνουν υποχρεωτικό μάθημα".

Τέλος σχετικά με την απαγόρευση εισόδου στα σχολεία των Μητροπολιτών δεν έδειξε καμμία διάθεση υποχώρησης καθώς επέμενε ότι "σύμφωνα με τον νόμο, η έγκριση εισόδου τρίτων σε σχολείο για να μετέχουν σε εκδηλώσεις και όχι μαθήματα ανήκει στην ευθύνη του διευθυντή και του συλλόγου διδασκόντων. Αντιλαμβάνεστε ότι το υπουργείο δεν μπορεί να επιτρέπει σε οποιονδήποτε ιδιώτη ή φορέα να παρεμβαίνει στη διδασκαλία, να υποκαθιστά στο μάθημα τους εκπαιδευτικούς και πολύ περισσότερο να «συνδιδάσκει» ή να «επιτηρεί» εκπαιδευτικούς."