Σπουδαία κειμήλια, θρησκευτικής και ιστορικής αξίας, όπως έργα της χρυσοκεντητικής τέχνης, αντικείμενα μικροτεχνίας, λατρευτικές εικόνες, βιβλία και μοναδικά χειρόγραφα, άρματα εποχής που παραπέμπουν νοερά στην ιστορική πολιορκία του 1866, περιλαμβάνει η Έκθεση Κειμηλίων της Ιεράς Μονής Αρκαδίου, που προκαλούν τον θαυμασμό κάθε επισκέπτη.
 
Η Έκθεση Κειμηλίων οργανώθηκε για πρώτη φορά τη δεκαετία του 1930, με τη φροντίδα του μακαριστού Επισκόπου Ρεθύμνης και Αυλοποτάμου Τιμόθεου Βενέρη, όπως αναφέρεται στο βιβλίο του «Το Αρκάδι δια των αιώνων» του 1938 και στεγαζόταν αρχικά στον όροφο της ΝΔ πτέρυγας. Το μουσείο μεταφέρθηκε το 2006 στην Τράπεζα της Μονής, στο ισόγειο της Β πτέρυγας. Τον πυρήνα της Έκθεσης αποτέλεσαν τα κειμήλια που σώθηκαν από τις καταστροφές που υπέστη η Μονή ανά τους αιώνες.
 
Η Έκθεση, στεγάζεται από τον Νοέμβριο 2015 στο ισόγειο της ΝΔ πτέρυγας, η οποία είχε αποκατασταθεί στο πλαίσιο του Γ' Κοινοτικού Πλαισίου Στήριξης, από την 28η Εφορεία Βυζαντινών Αρχαιοτήτων. Πρόκειται για ένα από τα παλιότερα τμήματα του μοναστηριακού συγκροτήματος, που αρχικά χρησιμοποιούταν για αποθήκευση λαδιού και κρασιού της Μονής. Το έργο «Επανέκθεση Κειμηλίων Ιεράς Μονής Αρκαδίου» εκτελέστηκε στο πλαίσιο του ΕΣΠΑ, με χρηματοδότηση από το ΕΠ Κρήτης και Νήσοι Αιγαίου 2007-2013, με φορέα υλοποίησης την Εφορεία Αρχαιοτήτων Ρεθύμνου, και την ουσιαστική υποστήριξη του Σεβασμιότατου Μητροπολίτη Ρεθύμνης και Αυλοποτάμου κ.κ. Ευγένιου.
 
Τη Μονή και την έκθεση Κειμηλίων, επισκέφθηκε χθες το πρωί ο υπουργός Πολιτισμού με αφορμή την επίσκεψή του στο Ρέθυμνο. Τον Αριστείδη Μπαλτά, συνόδευσε στη Μονή η προϊσταμένη της Εφορίας Αρχαιοτήτων Α. Τζιγκουνακη, ενώ την ξενάγηση στους χώρους έκαναν στον υπουργό ο Μητροπολίτης Ρεθύμνης και Αυλοποτάμου κ.κ. Ευγένιος και ο αρχαιολόγος Κώστας Γιαπιτσόγλου.
 
Ο υπουργός Πολιτισμού δεν έκρυψε το ενδιαφέρον που του προκάλεσε αυτή η σημαντική συλλογή κειμηλίων, ενώ τόνισε τη σημασία που δίνει σε αυτόν τον πλούτο, γι' αυτό εξ άλλου επέλεξε, συμβολικά, να ξεκινήσει τις χθεσινές του επισκέψεις από την Ιερά Μονή Αρκαδίου.
 
Η επίσκεψη του κ. Μπαλτά στη Μονή και στην έκθεση, προκάλεσε ιδιαίτερη χαρά στον Μητροπολίτη κ.κ. Ευγένιο, ο οποίος δήλωσε:
 
«Χαρήκαμε σήμερα γιατί είχαμε τη δυνατότητα να ευχαριστήσουμε τον υπουργό για όσα έχει κάνει το υπουργείο για το Μοναστήρι διαχρονικά και ιδιαιτέρως για την αναμόρφωση του Μουσείου, που όπως γνωρίζετε εγκαινίασε πριν μερικά χρόνια ο Οικουμενικός Πατριάρχης, ενώ τη Μουσειακή Συλλογή, της οποίας τα εκθέματα είναι ήδη τοποθετημένα στις θέσεις τους, θα εγκαινιάσει ο πρόεδρος της Ελληνικής Δημοκρατίας τον Νοέμβριο. Δόξα τω Θεώ, τελειώσαμε αυτό το έργο που περιλαμβάνει ό,τι διασώθηκε από τη λαίλαπα του Ολοκαυτώματος της 8ης Νοεμβρίου 1866. Τα κειμήλια βρήκαν πλέον τη θέση τους στο Μουσείο. Για να μπορούν οι πολυάριθμοι επισκέπτες του Μοναστηριού να το βλέπουν συντηρημένο αλλά και όπως υπαγορεύουν οι σύγχρονες απαιτήσεις.
 
Καταφέραμε και με τη συνδρομή του Παγκόσμιου Συμβουλίου Κρητών, σε συνδυασμό με αυτό το Μουσείο, να έχουμε και κάποια διαδραστικά συστήματα, τα οποία έγιναν από το ΙΤΕ. Με τον σύγχρονο τρόπο βοηθούν τους επισκέπτες και ειδικά τους νέους ανθρώπους και τα παιδιά των σχολείων μας να μαθαίνουν τη διαχρονική ιστορία και τον ορθόδοξο πολιτισμό που διατηρείται  εδώ στο Αρκάδι. Θα είναι χαρά μας να περάσουν όλοι από 'δώ και να βρεθούν κοντά μας τη μεγάλη μέρα των εγκαινίων του Μουσείου, στις 8 Νοεμβρίου που θα έχουμε τις εορταστικές εκδηλώσεις για τα 150 χρόνια από το Ολοκαύτωμα του Αρκαδίου».
 
Ο Μητροπολίτης, ζήτησε από τον υπουργό Πολιτισμού να συνδράμουν οι υπηρεσίες του Υπουργείου, προκειμένου να γίνει μια μελέτη στέγασης της μπαρουταποθήκης της Μονής Αρκαδίου, ώστε αυτή να προστατεύεται από το τις καιρικές συνθήκες.
 
«Εξέφρασα στον κύριο υπουργό να με συνδράμει με τις υπηρεσίες του υπουργείου σε μία σκέψη που με βασανίζει από την πρώτη στιγμή που ήρθα ως Επίσκοπος σε αυτό τον τόπο. Δηλαδή για το πώς θα σωθεί η πυριτιδαποθήκη η οποία 150 χρόνια τώρα, καθημερινά, είναι στο έλεος των καιρικών συνθηκών και φθείρεται. Πάντοτε είναι στην σκέψη μου η προστασία της, ότι αυτός ο χώρος θα έπρεπε να στεγαστεί με ένα σύγχρονο τρόπο. Να γίνει ένα στέγαστρο όπως απαιτούν οι σύγχρονες συνθήκες. Πέρα όμως από τη δική μου σκέψη, για να υλοποιηθεί αυτό, όλοι μας πρέπει να κάτσουμε και να σκεφτούμε πως μπορεί να γίνει το καλύτερο.
Αυτήν την ανάγκη την κατέθεσα στον υπουργό, ως αγωνία του Επισκόπου της τοπικής Εκκλησίας που βλέπει διαρκώς, ιδιαίτερα τα τελευταία χρόνια, την φθορά που επέρχεται σε αυτό το Ιερό σημείο ετούτου του μεγάλου μνημείου.
 
Έχουμε φτιάξει σχεδόν όλο το Αρκάδι, μας απομένει μόνο η δυτική του πλευρά, η είσοδός του που κάποια στιγμή θα γίνει και εκεί μία ολοκληρωμένη μελέτη, αλλά νομίζω τώρα πως πρέπει να δώσουμε προτεραιότητα στην πυριτιδαποθήκη. Να της δώσουμε την εικόνα που της αξίζει από την ιστορία της επ' αυτό το μέγα γεγονός που διαδραματίστηκε το 1866».