Μετά τη Μικρασιατική Καταστροφή προσπάθησε να σώσει όσο περισσότερους Έλληνες μπορούσε. Τα κατάφερε, μα ο ίδιος δεν έφυγε. Έμεινε στη Μητρόπολή του, όπου τον συνέλαβαν οι Τούρκοι, και στις 3 Οκτωβρίου του 1922 βρήκε φρικτό θάνατο.
Ο Άγιος Γρηγόριος γεννήθηκε στη Μαγνησία της Μικράς Ασίας το 1864. Το κοσμικό του όνομα ήταν Αναστάσιος Αντωνιάδης. Σπούδασε στη Θεολογική Σχολή της Χάλκης και μόλις αποφοίτησε, το 1889, χειροτονήθηκε διάκονος και έναν χρόνο αργότερα πρεσβύτερος.
Για τρία χρόνια, από το 1889 έως το 1892, δίδαξε ως δάσκαλος και ιεροκήρυκας της Αρχιεπισκοπής Κωνσταντινουπόλεως. Το 1892 έγινε πρωτοσύγκελος και ιεροκήρυκας της Μητρόπολης Θεσσαλονίκης, ενώ διετέλεσε και διευθυντής του ιστορικού Δεύτερου Γυμνασίου Θεσσαλονίκης (Αστική Σχολή).
Αυτό που τον έκανε ευρύτερα γνωστό ήταν ότι ως ιεροκήρυκας ήταν μεταξύ των ελαχίστων που χρησιμοποιούσαν τη δημοτική γλώσσα. Στις 12 Οκτωβρίου 1902 χειροτονήθηκε Μητροπολίτης Τιβεριουπόλεως και Στρωμνίτσης, στην οποία αγωνίστηκε για τη διατήρηση του ελληνορθόδοξου στοιχείου της περιοχής. Για τον λόγο αυτό, μέλη του βουλγαρικού κομιτάτου προσπάθησαν πολλές φορές να τον δολοφονήσουν (1905). Η τουρκική κυβέρνηση, όταν πληροφορήθηκε την εθνική δράση του Γρηγορίου, ανάγκασε το Οικουμενικό Πατριαρχείο να τον απομακρύνει. Έτσι, με απόφαση του Πατριαρχείου μετατέθηκε στη νεοσύστατη Μητρόπολη Κυδωνιών στις 22 Ιουνίου 1908, όπου συνέχισε την εθνική του δράση.
Το έτος 1922 έκανε συνεχείς εκκλήσεις προς τη δημογεροντία των Κυδωνιών να διαφύγουν οι Έλληνες από την πόλη προς τη Μυτιλήνη, για να σωθούν. Δεν εισακούσθηκε, με αποτέλεσμα στις 22 Αυγούστου 1922 οι άτακτοι Τούρκοι να σφαγιάσουν 4.000 Έλληνες. Με δική του παρέμβαση ελληνικά πλοία με αμερικανική σημαία παρέλαβαν 20.000 Έλληνες της ευρύτερης μητροπολιτικής επαρχίας του. Ο ίδιος αρνήθηκε να διαφύγει μαζί τους. Συνελήφθη από τον κεμαλικό στρατό στις 30 Σεπτεμβρίου 1922 και μετά από βασανισμούς σφαγιάστηκε μαζί με δεκάδες ιερείς, τους προκρίτους της πόλης και πλήθος συμπολιτών του, στις 3 Οκτωβρίου 1922.
Το έτος 1922 έκανε συνεχείς εκκλήσεις προς τη δημογεροντία των Κυδωνιών να διαφύγουν οι Έλληνες από την πόλη προς τη Μυτιλήνη, για να σωθούν. Δεν εισακούσθηκε, με αποτέλεσμα στις 22 Αυγούστου 1922 οι άτακτοι Τούρκοι να σφαγιάσουν 4.000 Έλληνες
Η αγιοκατάταξη του μάρτυρα Γρηγορίου Μητροπολίτου Κυδωνιών, καθώς και των μαρτύρων μητροπολιτών Χρυσοστόμου Σμύρνης, Προκοπίου Ικονίου, Αμβροσίου Μοσχονησίων, Ευθυμίου Ζήλων και των συν αυτοίς Μικρασιατών νεομαρτύρων έγινε το 1992 και η μνήμη τους τιμάται την Κυριακή προ της Υψώσεως του Τιμίου Σταυρού.
Μαρτυρία συγκρατουμένου του: «Την 30 Σεπτεμβρίου του 1922 οι Τούρκοι ορίσανε ως ημέρα που θα επέτρεπαν και στους παπάδες των ένδεκα μεγάλων εκκλησιών του Αϊβαλιού να φύγουν. Ο Δεσπότης πάλι είπε: “Εγώ είμαι υποχρεωμένος να μείνω”. Επειδή έμεναν ακόμη χριστιανοί στην πόλη. Και είχε γνωσθεί η τελευταία αγριότητα. Όταν οι Τούρκοι μάζεψαν τους άντρες από 18-45 ετών και τους σκοτώσανε έξω απ’ την πόλη, είχαν εξαιρέσει από αυτή την ομαδική στρατολογία και σφαγή τα σινάφια: τους επαγγελματίες, τους φουρναραίους, τους χτίστες, τους μαραγκoύς. Ο διευθυντής της αστυνομίας τους κάλεσε όλους να παρουσιαστoύνε. Τους πήγαν σ’ ένα λόφο λεγόμενο “Mπογιά” και τους σκότωσαν με τσεκούρια. Ένας μόνο γλύτωσε και είπε το τι έγινε. Τέλος, πιάσαν τον Δεσπότη και τους παπάδες. Ύστερα από τέσσερις μέρες φυλακή και βασανιστήρια, τους σηκώσανε και τους οδήγησαν έξω από την πόλη… Τους γυμνώσανε, τους δέρνανε, τους βιάζανε να περπατούν ξυπόλυτοι… Ήμουν με την προτελευταία αποστολή σκλάβων που οι Τούρκοι οδηγούσανε στο εσωτερικό της Aνατολής. Γυμνοί, πεινασμένοι, διψασμένοι, καταματωμένοι, είχαμε φτάσει στην Πέργαμο. Μας ρίξαν σε μια αποθήκη. Την άλλη μέρα, κατά το μεσημέρι, άνοιξε η πόρτα και μπήκε ένα νέο κοπάδι σκλάβων. Ήταν, σε αξιοθρήνητη κατάσταση, οι παπάδες του Αϊβαλιού: αλλοσούσουμοι, καταματωμένοι κι αυτοί, με ξεσκισμένα ράσα, πεινασμένοι, ξυπόλυτοι, άγριοι απ’ τη μαρτυρική πορεία. Ο Κυδωνίων Γρηγόριος, αν και είχε ξεκινήσει μαζί τους, δεν έφτασε στην Πέργαμο. Έξω απ’ το Αϊβαλί οι Τούρκοι τον ξεχωρίσανε μαζί με μερικούς άλλους απ’ το κοπάδι και τον παραδώσανε σ’ ένα απόσπασμα εκτελεστικό που είχε, εκτός απ’ τα όπλα, και φτυάρια. Οι άλλοι οι παπάδες συνεχίσανε τον δρόμο. Σαν πέρασε λίγη ώρα, ακούσανε πίσω τους ντουφεκιές. Το απόσπασμα ενώθηκε μαζί τους αργότερα. Ένας Τούρκος του αποσπάσματος είπε: “Τον Δεσπότη τον θάψαμε ζωντανό. Οι ντουφεκιές ήταν για τους άλλους”».
