Mετά τη συμμετοχή του στα συλλαλητήρια σε Αθήνα και Θεσσαλονίκη, ο Μητροπολίτης Φιλίππων Νεαπόλεως και Θάσου κ. Στέφανος, υπερασπιζόμενος το όνομα της Μακεδονίας, αμέσως μετά τις υπογραφές Τσίπρα - Ζάεφ στις Πρέσπες, πρότεινε στη Γενική Ιερατική Σύναξη των κληρικών της Μητρόπολης (όργανο το οποίο προσφάτως ενεργοποιήθηκε) να κυματίζουν μεσίστιες οι σημαίες σε Ιερούς Ναούς και στη Μητρόπολη.

Μετά την αποδοχή της Πρότασης του Μητροπολίτη ΦΝΘ από τους κληρικούς, οι σημαίες κυματίζουν μεσίστιες τόσο στο κτίριο της Μητρόπολης όσο και σε Ιερούς Ναούς ως ένδειξη δυσαρέσκειας της τοπικής Εκκλησίας στην ονομασία των Σκοπίων ως «Βόρεια Μακεδονία».

Η εφαρμογή της απόφασης έγκειται κυρίως στη διακριτική ευχέρεια του εκάστοτε κληρικού της κάθε ενορίας και δεν έχει «εκτελεστικό» χαρακτήρα.