Μουσείο παραμένει η Αγία Σοφία στην Κωνσταντινούπολη, καθώς το Συνταγματικό Δικαστήριο της Τουρκίας απέρριψε την Πέμπτη, 13 Σεπτεμβρίου 2018, την προσφυγή της Ενωσης Μόνιμων Βακουφίων, Ιστορικών Μνημείων και Περιβάλλοντος, με την οποία υποστήριζε ότι η λειτουργία του μνημείου ως μουσείο και όχι ως τέμενος παραβιάζει την θρησκευτική ελευθερία του. 

Η συγκεκριμένη Ένωση είχε προσφύγει αρχικά το 2004, ώστε να ανοίξει για μουσουλμανική προσευχή η Αγία Σοφία, χωρίς να λάβει απάντηση, ενώ το 2005 υπέβαλε νέα προσφυγή προς το Συμβούλιο της Επικρατείας, η οποία και απερρίφθη.

Οι υπεύθυνοι της Ενωσης, ωστόσο, το 2015 προσέφυγαν στο Συνταγματικό Δικαστήριο με τον ισχυρισμό πως η άρνηση στο αίτημα να επιτραπεί η προσευχή στην Αγία Σοφία παραβιάζει τη θρησκευτική ελευθερία.