Είναι από τα παλαιότερα και ένα από τα λίγα εν ενεργεία μοναστήρια στην Hπειρο. Η ιερά πατριαρχική σταυροπηγιακή μονή Κοιμήσεως της Θεοτόκου Γηρομερίου, είναι κτισμένη σε υψόμετρο 300 μέτρων στη δυτική πλαγιά του όρους Φαρμακοβούνι στους Φιλιάτες της Θεσπρωτίας.

Η ιστορία της μονής είναι απόλυτα συνδεδεμένη με την περιοχή η οποία κατά το παρελθόν δοκιμάστηκε από την εκεί παρουσία των Τσάμηδων αλλά και τη βαρβαρότητα που έδειχναν κατά καιρούς και με διάφορες αφορμές οι Τούρκοι.

Η σπουδαιότητα του μοναστηριού οφείλεται και στον ιδρυτή του τον Οσιο Νείλο τον επονομασθέντα και "ηγιασμένο". Ο Οσιος Νείλος καταγόταν από την Κωνσταντινούπολη, ανιψιός του αυτοκράτορα Θεόδωρου Λασκάρεως της Νικαίας. Κατά πάσα πιθανότητα γεννήθηκε το στη Νίκαια κατά το 1228. Εγινε μοναχός, έλαβε το όνομα Νείλος και επισκέφτηκε τους Αγίους Τόπους. Οταν επέστρεψε στην Κωνσταντινούπολη ο αυτοκράτορας Μιχαήλ, προσπαθούσε να προχωρήσει στην ένωση των δύο εκκλησιών με πάρα πολλούς, μεταξύ των οποίων και ο Νείλος, να αντιδρούν.

Ο Μιχαήλ, για να τον τιμωρήσει τον έβαλε σε μία βάρκα μαζί με έναν άλλο συνοδοιπόρο του μοναχό και τους εγκατέλειψε στη θάλασσα. Επειτα από 40 ημέρες βγήκαν σε άθλια κατάσταση στο Αγιο Ορος, πιθανόν στη μονή Ιβήρων.

Μετά τρία χρόνια και αφού είχε ηρεμήσει η κατάσταση ο Νείλος επέστρεψε με τιμές στην Πόλη. Στη συνέχεια πήγε και πάλι στους αγίους τόπους και μετά από χρόνια, περιπλανήθηκε στην Κύπρο, τη Ρόδο, στην Πελοπόννησο, την Κέρκυρα, για να καταλήξει στα ηπειρωτικά παράλια. Βρέθηκε κοντά στην αρχαία πόλη Ωρικόν στον κόλπο της Αυλώνας. Εδώ έκτισε ένα κελί, αλλά δεν έμεινε πολύ. Οι κάτοικοι της Θεσπρωτίας τον κάλεσαν να τους επισκεφτεί και έτσι κατέληξε στην περιοχή Γηρομερίου, όπου υπήρχαν ερημικά ασκητήρια αναχωρητών από παλαιότερες εποχές μέσα σε βράχους. Εγκαταστάθηκε σε ένα από αυτά, η φήμη όμως που απέκτησε λόγω της ζωής του, δεν τον άφησε να ησυχάσει, αφού χιλιάδες πιστοί από όλη την περιοχή έφταναν στο κελί του για να πάρουν ευλογία και συμβουλές. Μετά από τα ασκηταριά, η παράδοση θέλει να εμφανίζεται στο όραμά του η Παναγία και να τον παροτρύνει να κτίσει μοναστήρι στο σημείο που κάθε βράδυ έβλεπαν, ντόπιοι και ασκητές, να καίει ένα φως. Κινήθηκαν προς τα εκεί, όπου βρήκαν την εικόνα της Παναγίας και άρχισαν να κτίζουν το μοναστήρι.

Ο Οσιος Νείλος πέθανε στις 2 Ιανουαρίου του 1324 αφήνοντας πίσω του ένα σημαντικό έργο και μια διαθήκη ,αντίγραφο της οποίας σώζεται. Το λείψανό του ενταφιάστηκε λίγο πιο πάνω από τη σημερινή μονή.

Πάντως πριν την ανοικοδόμηση από τον Νείλο, εδώ υπήρχε μοναστήρι το οποίο κτίστηκε κατά τον 7ο αιώνα από τον αυτοκράτορα Ηράκλειτο. Η παλιά μονή πιθανόν να καταστράφηκε την περίοδο της εικονομαχίας. Δεν αποκλείεται επίσης εδώ να υπήρχε ειδωλολατρικός ναός ο οποίος μετετράπη στην πορεία σε χριστιανικό.

Η μονή, ως σταυροπηγιακή, υπαγόταν στο πατριαρχείο της Κωνσταντινούπολης. Κατά το 16ο αιώνα ζει μοναδικές στιγμές ακμής. Ο πρωτονοτάριος του πατριαρχείου Θεοδόσιος Ζυγομαλάς σε έκθεσή του το 1578 για τα μοναστήρια της περιοχής, αναφέρει ότι στη Μονή Γηρομερίου εγκαταβιούσαν 300 μοναχοί, ενώ σε όλα τα άλλα μοναστήρια της Ηπείρου ζούσαν συνολικά 300 μοναχοί.

Τότε, το 1568, η μονή ανακαινίστηκε με χρήματα του ηγεμόνα της Ουγγροβλαχίας Οξιώτη ή Αξιώτη ο οποίος καταγόταν από την Πωγωνιανή. Την ίδια περίοδο οι ηγεμόνες της Βλαχίας το στήριζαν οικονομικά, ενώ δωρεές κάνει και ο Αλέξανδρος Υψηλάντης.

Στην πορεία η μονή γίνεται το κέντρο της Εξαρχίας Γηρομερίου στην οποία ανήκουν τουλάχιστον 12 χωριά της περιοχής.

Κατά το 18ο αιώνα η κάθοδος "αλβανικών ορδών" στη Θεσπρωτία αναγκάζει τους κατοίκους πολλών χωριών να τα εγκαταλείψουν. Η μονή κινδύνευε και αυτή, αλλά ο επίσκοπος Βουθρωτού και Γλυκέως Παΐσιος την αναδιοργάνωσε. Η περίοδος όμως παραμένει δύσκολη, καθώς οι κάτοικοι πολλών χωριών εξισλαμίστηκαν με τη βία.

Τότε εμφανίστηκε ο Κοσμάς ο Αιτωλός ο οποίος στις 16 Απριλίου του 1775 έφτασε στο χώρο της Μονής, όπου έγινε η μεγαλύτερη συγκέντρωση πιστών, κοντά στις 11.000 .

Η μονή πέρα από την ιστορία της έχει σπάνιες τοιχογραφίες που ανήκουν στην Κρητική σχολή με επιρροές από τη σχολή της Βορειοδυτικής Ελλάδος.

Παρά την αίγλη της όμως, ακόμη και πριν από κάποια χρόνια, ήταν έντονη η εικόνα της εγκατάλειψης .Τελικά ανακαινίστηκε και σήμερα ζουν εδώ τρεις μοναχοί που την κρατούν ζωντανή. Εκτός από τις σπάνιες εικόνες και τα άλλα κειμήλια εδώ υπάρχουν τα λείψανα των αγίων: Γεωργίου του Τροπαιοφόρου, Παντελεήμονος, Αυξεντίου, Φωτεινής της Σαμαρείτιδος, Τρύφωνος Βονιφατίου, Φωτίου, Στεφάνου πρωτομάρτυρος, Αναστασίας Φαρμακολύτριας, κα. Σημαντική είναι η εικόνα της Παναγίας της Ελεούσης που επονομάστηκε και Δακρυρροούσα.

Μεγάλη ήταν η προσφορά της για την περιοχή αφού συντηρούσε σχολείο στους Φιλιάτες, δημοτικό και παρθεναγωγείο στο Γηρομέρι και σε πολλά χωριά. Από τον 13ο αιώνα λειτουργούσε σχολή γραμμάτων.