Η μοναστική βιωτή στα μοναστήρια, σύμφωνα με την αρχαία παράδοση της Εκκλησίας, την οποία θεμελίωσε ο Άγιος Παχώμιος στην Αίγυπτο, είναι κοινοβιακή. Κοινή λατρεία, κοινή τράπεζα, από κοινού εργασία-διακόνημα, κοινός Πατέρας. Ο κοινοβιακός τρόπος ζωής των μοναχών διαφυλάττει εκτός από την νηπτική ζωή και το κοινό εσχατολογικό βίωμα της πρώτης εκκλησίας των Ιεροσολύμων, όπου “πάντες…ήσαν επί το αυτό και είχον άπαντα κοινά ” (Πρ. 2,44).

Κάθε παρέκκλιση που υπονομεύει την αυθεντική κοινοβιακή ζωή των μοναστηριών θεωρείται ως σημάδι έκπτωσης στην πνευματική ζωή αυτών. Έτσι το ιδιόρρυθμο σύστημα λειτουργίας των μοναστηριών του Άθωνος προέκυψε σε εποχές μεγάλης δυσκολίας και παρακμής, ως μία οικονομία προκειμένου να επιβιώσουν τα μοναστήρια. Μετά τον εορτασμό της χιλιετηρίδος του Αγίου Όρους, με την πρόνοια της Εφόρου του Υπεραγίας Θεοτόκου, άρχισε να σημειώνεται προσέλευση νέων μοναχών οι οποίοι σταδιακά επάνδρωσαν πολλές Ιερές Μονές των οποίων τα παλαιά μέλη ήδη ήταν περασμένης ηλικίας.

Η δεύτερη στην αγιορειτική τάξη, Ιερά Μεγίστη Μονή του Βατοπαιδίου, παρέμενε στο ιδιόρρυθμο σύστημα έως το 1990, για πέντε περίπου αιώνες. Από το 1987 ωστόσο άρχισε να επανδρώνεται από τα μέλη της συνοδείας του Γέροντος Ιωσήφ από την Νέα Σκήτη, ο οποίος ήταν άμεσος πνευματικός γόνος του Γέροντος Ιωσήφ του Ησυχαστού ή Σπηλαιώτου. Η νέα συνοδεία ζούσε ήδη με πνεύμα και τρόπο κοινοβιακό στη Νέα Σκήτη. Έτσι τόσο ο μακαριστός Γέρων Ιωσήφ, τα μέλη της συνοδείας αλλά και ολόκληρη η Αγιορειτική Κοινότητα ανέμεναν την επαναγωγή της Ι.Μ.Μ. του Βατοπαιδίου στο κοινοβιακό σύστημα και επισήμως.

Το Οικουμενικό Πατριαρχείο κατόπιν προσκλήσεως της Ιεράς Κοινότητος του Αγίου Όρους, και του τότε πολιτικού Διοικητού του Αγίου Όρους κ. Κωνσταντίνο Λούλη, απέστειλε Εξαρχία προς επίλυση του ζητήματος της μετατροπής της Ιεράς Μεγίστης Μονής Βατοπαιδίου από ιδιόρρυθμη σε Κοινόβιο. Η Εξαρχία απαρτιζόταν από τους Μητροπολίτες Σταυρουπόλεως Μάξιμο, Φιλαδελφείας Βαρθολομαίο (νυν Οικουμενικό Πατριάχη) και Ηλιουπόλεως Αθανάσιο (νυν μητροπολίτη Χαλκηδόνος). Η Εξαρχία γίνεται δεκτή από τους Πατέρες με την προσήκουσα τιμή, σύμφωνα με τα θέσμια του Αγίου Όρους. Κατόπιν επαφής με τους πατέρες της παλαιάς και της νέας αδελφότητας φέρνει εις πέρας τον σκοπό της αποστολής της.

Η Ιερά Μεγίστη Μονή Βατοπαιδίου μετά από πέντε αιώνες ιδιορρύθμου πορείας επανέρχεται στην Πατερική τροχιά. Η νέα Αδελφότητα εκλέγει Καθηγούμενό εκ των κόλπων της τον  34χρονο τότε ιερομόναχο Εφραίμ Βατοπαιδινό, και σαν σήμερα, πριν 29 έτη, προβαίνει στην επίσημη κοινοβιοποίηση της Μονής και ενθρόνιση του Καθηγουμένου. Το Οικουμενικό Πατριαρχείο, ως η κανονική πνευματική αρχή του Αγίου Όρους προΐσταται της όλης τελετής δια του εκπροσώπου του μακαριστού Μητροπολίτου Θεοδωρουπόλεως κυρού Γερμανού. Ο Καθηγούμενος Γέρων Εφραίμ Βατοπαιδινός, είναι αιρετός από την Αδελφότητα, και εκλέγεται από αυτή, με κριτήριο το ακέραιο του χαρακτήρα του, το άμεμπτο του βίου του, την τελειότητα των ηθών, την ταπείνωση, την διάκριση και την αγάπη, αρετές τις οποίες αθορύβως καλλιεργεί διαρκώς δια της προσευχής και της λειτουργικής ζωής. Ο Γέρων Εφραίμ Βατοπαιδινός επί τριάντα συναπτά έτη εργάζεται αόκνως για την πνευματική αναμόρφωση της Μονής, την πνευματική καθοδήγηση των πατέρων της Αδερφότητος, καθώς και την ενίσχυση πολλών εκτός του Άθωνος, καθώς κληρικοί, μοναχές, άνδρες, γυναίκες και παιδιά βρίσκουν καταφύγιο στην πατρική του αγκάλη και πνευματική ανάπαυση στο επιτραχήλιο του.

Συγχρόνως προς την πνευματική αναμόρφωση της Μονής ο Γέρων Εφραίμ Βατοπαιδινός μαζί με την Αδελφότητα εργάστηκε και εργάζεται όλα αυτά τα χρόνια με ιδιαίτερο ζήλο και για την αναστήλωση της Μονής, ώστε να συνεχίσει μέσα στους μελλόντες αιώνες η Ιερά Μεγίστη Μονή Βατοπαιδίου να αποτελεί πνευματική κιβωτός και χώρος λατρείας και προσευχής, όπου ακαταπαύστως υμνείται και λατρεύεται ο Τριαδικός Θεός και βρίσκει αποκούμπι και παρηγορία ο πονεμένος σύγχρονος άνθρωπος.

Ο Καθηγούμενος, σύμφωνα με τον Άγιο Ιωάννη της Κλίμακος, είναι «ποιμήν γιατί μπορεί να αναζητήσεις και θεραπεύσει τα απολωλότα λογικά πρόβατα με την ακακία του, τον ζήλο του, και την προσευχή του. Είναι κυβερνήτης γιατί μπορεί όχι μόνο από τη τρικυμία, αλλά και μέσα από την άβυσσο να ανασύρει και να σώσει το πλοίο. Ο ικανός κυβερνήτης θα διασώσει το πλοίο, και ο καλός ποιμήν θα ζωογονήσει και θα θεραπεύσει τα αρρωστημένα πρόβατα. Γιατί είναι ιατρός με πνευματική ανοσία, που δεν χρειάζεται κανένα φάρμακο για την υγεία του. Είναι ακόμα δάσκαλος που έλαβε από τον Θεό πνευματικό βιβλίο γραμμένο δια «δακτύλου Θεού», δηλαδή δια της ενεργείας της θεϊκής ελλάμψεως και δεν έχει πλέον ανάγκη από άλλα βιβλία».

Η κοινοβιοποίηση της Μονής και η ενθρόνιση του πρώτου μετά από πέντε αιώνες Καθηγουμένου της ήταν ένα σημαντικό γεγονός, που επρόκειτο να διαδραματίσει ένα σπουδαίο ρόλο στα εκκλησιαστικά και κοινωνικά δρώμενα. Για αυτό, τόσο η Εκκλησία όσο και η Πολιτεία, δια της παρουσίας εκπροσώπων τους, έδωσαν βαρύτητα στο γεγονός αυτό. Με τον τρόπο αυτό φανερώνεται η διαχρονικότητα των σχέσεών τους και η συνέχιση μιας Παραδόσεως που θέλει αυτούς του δύο παράγοντες να συμπλέουν και να συνεργάζονται για το καλό του Γένους στα θέματα Εκκλησίας και Πολιτείας.

Σύμφωνα με την μαρτυρία του Καθηγουμένου της Μονής Γέροντος Εφραίμ οι παλαιοί Γέροντες Μοναχοί περιεβλήθηκαν από τους διαδόχους τους με απεριόριστο σεβασμό και ανιδιοτελή αγάπη. Και αυτό είχε σαν αποτέλεσμα «εν ειρήνη και μετανοία» να ζήσουν τον υπόλοιπο χρόνο της ζωής τους, και με πνευματική ανάπαυση να αναχωρήσουν από αυτήν τη ζωή. Άφησαν έτσι στους νέους αδελφούς σαν κληρονομιά, την πολύχρονη πείρα τους, αλλά και την εγκάρδιο ευχή και ευλογία τους προς ευόδωση του σκοπού τους. Η ευγνωμοσύνη για αυτόν τον λόγο από πλευράς των Μοναχών της νέας Αδελφότητος είναι απεριόριστη, η ευχαριστία άπειρη και μεγάλη είναι η συναίσθηση του χρέους στο να φανούν αντάξιοι μιας τέτοιας διαδοχής.

Επίσης, όπως τόνιζε ο μακαριστός Γέρων Ιωσήφ Βατοπαιδινός, η Ιερά Μονή Βατοπαιδίου “έχει τον έναν πόδα της στον ησυχασμό και τον άλλον στην ιεραποστολή”. Όσον αφορά το πρώτο ο Γέροντας και οι μοναχοί συνεχίζουν την αγιορειτική παράδοση και την νοερά εργασία που παρέλαβαν από την πνευματική ρίζα του Γέροντος Ιωσήφ του Ησυχαστού μέσα από το πρόσωπο και την παρακαταθήκη του Γέροντος Ιωσήφ Βατοπαιδινού. Όσον αφορά το δεύτερο, την Ιεραποστολή, η Ιερά Μονή διοργανώνει εκδηλώσεις και συνέδρια που ως κέντρο τους έχουν την αυθεντική μετάδοση του λόγου του Θεού στον σύγχρονο άνθρωπο μέσα στο φιλοκαλικό πνεύμα που διέπει την αγιορειτική μοναστική βιωτή.

Συγχρόνως πλούσιο και πολύπλευρο είναι, κάτω από την ευλογία και μέριμνα του Καθηγουμένου Γέροντος Εφραίμ, το φιλανθρωπικό και κοινωνικό έργο της Μονής, η οποία απλόχερα και αγαπητικά μεταμορφώνει την αγάπη σε πράξη, μέσα από την ποικιλόμορφη και ουσιαστική στήριξη και αρωγή της στην διακονία ανακούφισης του σύγχρονου πάσχοντος ανθρώπου, μέσω των προνοιακών δομών της Εκκλησίας.