Εδώ και 20 χρόνια μία κόντρα μεταξύ της μητρόπολης Ναυπάκτου και της Μονής Μεταμορφώσεως Σκάλας διαιωνίζεται έξω από κάθε εκκλησιαστική και θεολογική έννοια.Το μοναστήρι τελεί υπό καθεστώς ακοινωνησίας εδώ και πολλά χρόνια με αποφάσεις της Ιεράς Συνόδου.
Σύμφωνα με όσα κατά καιρούς έχει ανακοινώσει η μητρόπολη η “κόντρα” άρχισε όταν η μονή είχε αναπτύξει άλλες δραστηριότητες , δεν δεχόταν ελέγχους και οι μοναχοί είχαν δημιουργήσει “προσωπικούς συλλόγους”. Η Σύνοδος με πολλές αποφάσεις της είχε επιβάλλει επιτίμια στους μοναχούς η άρση των οποίων θα γίνει μόνο όταν αλλάξουν τακτική έναντι των αποφάσεων της επίσημης Εκκλησίας ,κάτι που μέχρι σήμερα δε γίνεται.
Αποτέλεσμα όλης αυτής της κατάστασης είναι να διακοπή οι κοινωνία κάτι που σημαίνει οτι δεν μπορούν να τελεστούν σε αυτό το μυστήριο του βαπτίσματος.
Όμως σύμφωνα με πληροφορίες έχουν γίνει βαπτίσεις οι οποίες θεωρούνται άκυρες για την Εκκλησία αφού δεν έχουν δηλωθεί στην μητρόπολη.
Οι ιερείς την μητρόπολης δεν γνωρίζουν όλες τις περιπτώσεις αλλά αρκετές από αυτές εντοπίζονται και τότε οι ιερείς δεν κοινωνούν τα παιδιά που έχουν βαπτιστεί παρατύπως όπως έγινε στις αρχές Σεπτέμβρη με μία 8χρονη .Ο ιερές αρνήθηκε να την κοινωνήσει και οι γονείς του παιδιού έστειλαν εξώδικο διαιωνίζοντας μια διαμάχη η οποία θίγει ολόκληρη την Εκκλησία καθώς σκανδαλίζονται οι πιστοί για λόγους που δεν έχουν να κάνουν με την πίστη.
