Από τα πιο παλιά μοναστήρια της Σαντορίνης ανάμεσα στο Φηροστεφάνι και το Ημεροβίγλι, η ιερά Μονή του Αγίου Νικολάου δένει τέλεια με την αρχιτεκτονική της περιοχής και την ιστορία της, σχεδόν τέσσερις αιώνες. Πρόκειται για ένα γυναικείο μοναστικό κέντρο το οποίο εκτός του Αγίου Νικολάου είναι αφιερωμένο στον Αγιο Παντελεήμονα και τη Ζωοδόχο Πηγή. Στις Κυκλάδες τα περισσότερα μοναστήρια είναι αφιερωμένα σε πολλούς αγίους, δείγμα μιας άλλης θεώρησης των χώρων λατρείας.
Η μονή στην πρώτη της μορφή ιδρύθηκε στις 6 Δεκεμβρίου του 1651 στο κάστρο του Σκάρου. Εκεί υπήρχε η οικογένεια Γκύζη η οποία είχε ιδιόκτητο ναό αφιερωμένο στον Αγιο Νικόλαο. Στην πορεία ζητήθηκε η άδεια από τον τοπικό μητροπολίτη ο ναός να μετατραπεί σε γυναικείο μοναστήρι με πρώτες μοναχές νεαρές κοπέλες της οικογένειας, το οποίο λειτούργησε συνεχώς μέχρι το 1815. Τότε στις 29 Δεκεμβρίου, ο Πατριάρχης Κωνσταντινουπόλεως Κύριλλος ΣΤ΄ ενέκρινε την ανέγερση νέας μονής στη θέση που τη συναντάμε σήμερα, όπου υπήρχε ο ναός της Ζωοδόχου Πηγής. Πέντε χρόνια χρειάστηκαν για να κτιστεί το νέο μοναστήρι. Αυτό αποφασίστηκε επειδή τότε είχε σχεδόν ερημώσει η περιοχή του Σκάρου και αυτό δυσκόλευε τη ζωή των μοναχών. Με τη βοήθεια των πιστών αλλά και επιφανών κατοίκων του νησιού κτίστηκε η νέα μονή με το τρισυπόστατο καθολικό. Ενα παρεκκλήσι αφιερώθηκε στη Ζωοδόχο Πηγή, το κεντρικό στον Αγιο Νικόλαο και το τρίτο στον Αγιο Παντελεήμονα.
