Ο Νικόλαος εν Βουνένοις σύμφωνα με την παράδοση, γεννήθηκε στα μέρη της Ανατολής τα χρόνια του αυτοκράτορα Λέων του Στ΄. Όταν ενηλικιώθηκε κατατάχθηκε στον Αυτοκρατορικό Στρατό, με το αξίωμα του Δούκα με καθήκοντά του ανήκαν η ψυχική και σωματική εκγύμναση των στρατιωτών του. Τους μάθαινε να προσεύχονται, να μην αδικούν κανέναν και να ζητούν την βοήθεια του Χριστού έναντι των εχθρών τους.
Οι άντρες του Νικόλαου δεν είχαν μόνο να αντιμετωπίσουν τους εχθρούς τους αλλά και τους εσωτερικούς εχθρούς της Αυτοκρατορίας. Μία μέρα ο Νικόλαος εστάλη, από τον Λέοντα τον Εικονομάχο για να καταστείλει μία εξέγερση και να επαναφέρει την τάξη. Η εξέγερση δεν εξελίχθηκε καλά και αρκετοί αθώοι έπεσαν νεκροί. Όταν είδε τι συνέβαινε εκεί, πήρε 12 από τους άντρες του και αποσύρθηκε μαζί τους στα Βούναινα της Θεσσαλίας σε μία περιοχή όπου κατοικούσαν αρκετοί ασκητές. Έζησαν ακολουθώντας τον τρόπος ζωής τον υπόλοιπων ασκητών εως την μέρα που οι Άβαροι έφθασαν στην Θεσσαλία και συνέλαβαν τον Νικόλαο και τους στρατιώτες του, τους οποίους κατάσφαξαν
Ο ίδιος ο Νικόλαος φυλακίσθηκε και απέναντί του, έγινε προσπάθεια προσηλυτισμού καθώς οι Άβαροι ήθελαν να τον κάνουν να απαρνηθεί τον Χριστιανισμό. Στην αρχή του προσέφεραν χρήματα αλλά και αξιώματα αλλά τελικά καθώς ο Νικόλαος δεν υποχώρησε, τον κάρφωσαν με το ίδιο του το κοντάρι. Τελικά, στις 9 Μαΐου του 720 τον αποκεφάλισαν και άφησαν το κορμί του στον τόπο της σφαγής του. Πολλά χρόνια αργότερα, το βρήκε κάποιος λεπρός άρχοντας ονόματι Ευφημιανός και παρατήρησε ότι το νεκρό του κορμί ευωδίαζε. Μόλις έφτασε κοντά στο κορμί του, θεραπεύθηκε απο την ασθένεια του αμέσως. Για να ευχαριστήσει τον νεκρό Νικόλαο, έθαψε το κορμί του σε εκείνο το σημείο και σε κάποιο χρονικό διάστημα έχτισε εκεί ναό στο όνομα του Αγίου Νικολάου.
Κατά τα βασανιστήρια, ο Νικόλαος, είχε δεθεί σε κάποια δένδρα και σήμερα λέγεται πως ρέει ένα κόκκινο υγρό το οποίο ονομάζεται «Αίμα». Κατά την παράδοση “το υγρό αυτό όταν χρησιμοποιείται με πίστη και εμπιστοσύνη στον Οσιομάρτυρα έχει ιαματικές ιδιότητες και επιτελεί θαύματα σε πάσχοντες από δερματικές παθήσεις και κεφαλοπονία”.
Ο Νικόλαος θεωρείται άγιος από την Ορθόδοξη Εκκλησία και το λείψανό του σήμερα βρίσκεται στον Ιερό Ναό του Αγίου Νικολάου του Νέου στην Θήβα και είναι τοποθετημένο σε μία αργυρά θήκη.
Το θαύμα με τους Γερμανούς
Τον Οκτώβριο του 1943 λέγεται πως όταν οι γερμανοί ήταν αποφασισμένοι να φύγουν από την Θήβα θέλησαν πρώτα να καταστρέψουν την συνοικία του Ταχίου καθώς είχαν ακούσει πως εκεί ήταν κρυμμένα πολλά πυρομαχικά που θα μπορούσαν να χρησιμοποιηθούν εναντίον τους από τους αντάρτες. Πράγματι, εκεί που σήμερα βρίσκεται το καμπαναριό της εκκλησίας του αγίου Νικολάου, βρισκόταν μία μικρή αποθήκη που ήταν γεμάτη με πολεμοφόδια και όπλα. Οι Γερμανοί ζήτησαν κατάλογο με τα ονόματα όλων τον αντρών της περιοχής από 16 χρόνων και πάνω και αν κάποιος έλειπε όταν τον καλούσαν, θα τον έβρισκαν και θα τον εκτελούσαν επί τόπου.
Απέναντι από τους κατοίκους, μαζεύτηκε το εκτελεστικό απόσπασμα όπου και περίμενε με την εντολή του αξιωματικού να τους πυροβολήσει. Έγινε εξονυχιστικός έλεγχος παντού, σε σπίτια, αποθήκες και υπόγεια όπως και επίσης μέσα στον ίδιο τον ναό. Η είσοδος της αποθήκης που ήταν κρυμμένα τα όπλα ήταν καλυμμένη από μία ξύλινη πόρτα, η οποία ανοιγόκλεινε με το φύσημα του αέρα και παράτεινε την αγωνία των κατοίκων που έβλεπαν τον γερμανό αξιωματικό να περνάει αρκετές φορές από το σημείο της πόρτας αλλά χωρίς να έχει την περιέργεια να κοιτάξει τί βρίσκεται από πίσω της.
Εν τέλη, οι Ναζί έφυγαν άπρακτοι και οι κάτοικοι το απέδωσαν στον Άγιο .