Στη Μύκονο, στην Πλατεία Αλεξάνδρας βρίσκεται ο Μητροπολιτικός Ναός της Ζωοδόχου Πηγής ή της Μεγάλης Παναγιάς ή της Παναγίας της Πηγαδιώτισσας, επειδή η εικόνα που είναι στο προσκυνητάρι βρέθηκε σε πηγάδι. Επίσης, οι κάτοικοι την αποκαλούν και αγγελοκτισμένη!
Το πότε ακριβώς χτίστηκε ο ναός δεν είναι γνωστό. Ωστόσο, την πρώτη σχετική γραπτή μαρτυρία την έχουμε την 1η Απριλίου του 1667. Έκτοτε, πολλές είναι οι αναφορές σε αυτόν και στα πρόσωπα που τον υπηρετούν. Εκτός του ναού, σημαντικό είναι και το καμπαναριό του, το οποίο χτίστηκε το 1912.
Ο 17ος και ο 18ος αιώνας χαρακτηρίζονται «χρυσή εποχή» για το θαλάσσιο εμπόριο της Μυκόνου. Οι ναυτικοί και οι πλοιοκτήτες που κινούνται στα λιμάνια της Μεσογείου φέρνουν ό,τι καλύτερο μπορούν και στολίζουν τις εκκλησίες του νησιού. Τότε κατασκευάζεται, μάλλον στη Βενετία, το ξυλόγλυπτο τέμπλο του Ναού της Ζωοδόχου Πηγής, όπου τα φύλλα χρυσού που χρησιμοποιήθηκαν δένουν απόλυτα με τα χρώματα του κόκκινου, του μπλε και του πράσινου. Τότε κατασκευάζεται και ο επιβλητικός δεσποτικός θρόνος, στις 25/3/1769, όπως δείχνει η χρονολογία που αναγράφεται σε αυτόν. Εκτός του εντυπωσιακού μητροπολιτικού ναού, στη Μύκονο υπάρχουν και δεκάδες παρεκκλήσια με σπάνιας ομορφιάς εικόνες, ξυλόγλυπτα τέμπλα και παλαιά ιερά σκεύη. Μεταξύ αυτών ξεχωρίζει η Παναγία η Παραπορτιανή, μεταβυζαντινό μνημείο και ένας από τους παλαιότερους ναούς της Μυκόνου. Θεωρείται το έμβλημα του νησιού. Επίσης: η Αγία Μονή, η Παναγία η Πριανή, η Αγία Υπακοή, η Παναγία του Φαμελίτη, Η Γριά Παναγιά, η Ελεούσα του Φιδέλη, τα Άγια των Αγίων, η Παναγιά η Λιμνιώτισσα και η Παντάνασσα. Στην περιοχή του Κάστρου υπάρχουν οι ναοί της Αγίας Ελένης, του Αγίου Αρτεμίου και του Αγίου Ιωάννη της Παρκιάς.
Ιερά Μονή Αγίου Γεωργίου, Αμπελόκηπος, Ανω Μερά
Ακολουθώντας τον δρόμο από την Άνω Μερά προς τις παραλίες της Αγίας Άννας, του Καλαφάτη και της Μερσίνης, σε απόσταση περίπου ενάμισι χιλιομέτρου, στα αριστερά, ο επισκέπτης συναντά ένα περίκλειστο κτιριακό συγκρότημα, το οποίο συνθέτουν τρεις εκκλησίες και ένα διώροφο κτίσμα. Αυτό είναι το μοναστήρι του Αγίου Γεωργίου του Αμπελόκηπου, το οποίο χτίστηκε περί τον 17ο αιώνα. Η ονομασία «αμπελόκηπος» οφείλεται στα αμπέλια που είχε η περιοχή. Το μοναστήρι ανήκε στην οικογένεια Χανιώτη, η οποία το 1837 το παραχώρησε στη Μονή της Παναγίας της Τουρλιανής.
Το χαρακτηριστικό του είναι ο μπλε τρούλος του Αγίου Γεωργίου, ο οποίος έρχεται σε αντίθεση με το κόκκινο των άλλων δύο εκκλησιών, του Τιμίου Σταυρού και της Αγίας Παρασκευής.
Ιερά Μονή Αγίου Παντελεήμονα στο Μαράθι
Πρόκειται για ένα μοναστήρι το οποίο χτίστηκε το 1665 και στη συνέχεια αναπτύχθηκε χάρη στη συμβολή κληρικών και πιστών. Ο ναός είναι δισυπόστατος, αφιερωμένος στον Άγιο Παντελεήμονα και τον Άγιο Νικόλαο. Η μονή όλο τον χρόνο παραμένει κλειστή και ανοίγει μόνο στις 26 Ιουλίου, παραμονή της εορτής του Αγίου Παντελεήμονα.
Ιερά Μονή Παναγίας Θεοτόκου Τουρλιανής, Άνω Μερά
Το μοναστήρι χτίστηκε το 1542 από δύο μοναχούς, οι οποίοι άφησαν το νησί τους, την Πάρο, που πληττόταν από τους πειρατές, και έφτασαν στη Μύκονο, η οποία είχε επίσης υποστεί τις καταστροφικές επιδρομές του Χαϊρεντίν Μπαρμπαρόσα. Εκεί αναζήτησαν έναν χώρο για να μπορούν να «υπηρετήσουν την Ορθοδοξία» και κατέληξαν σε έναν μικρό ναό, τα Εισόδια της Θεοτόκου, όπου συνάντησαν και μία μοναχή με το όνομα Τρούλη. Ίσως από το όνομά της το μοναστήρι να ονομάστηκε Παναγία Τουρλιανή. Για την ονομασία υπάρχει και η άλλη εκδοχή, που την αποδίδει στον «τρούλο» («τούρλος» στην τοπική διάλεκτο).
Άλλοι πάλι υποστηρίζουν ότι το όνομα δόθηκε γιατί οι μοναχοί βρήκαν μια εικόνα να επιπλέει στη θάλασσα στην περιοχή Τούρλου. Το 1612 η μονή καταστράφηκε και λεηλατήθηκε από πειρατές, ενώ το 1767 ανακαινίστηκε εκ βάθρων. Τότε μόνασε εκεί ο Ιγνάτιος Μπάσουλας, ο οποίος αφιέρωσε στη μονή την προσωπική του περιουσία, ενώ με άδεια του Οικουμενικού Θρόνου συγκέντρωσε χρήματα και δημιούργησε ένα εντυπωσιακό συγκρότημα.
Στην Ιταλία, όπου είχε ζήσει, βρήκε χρήματα και παρήγγειλε ένα ξυλόγλυπτο τέμπλο το 1775, το οποίο θεωρείται έργο Τέχνης, με έντονα τα στοιχεία του μπαρόκ, αλλά και χρώματα που δεν έχουν καμία σχέση με όσα συναντάμε στο Βυζάντιο. Τότε κατασκευάστηκαν και ο δεσποτικός θρόνος και ο άμβωνας από ειδικούς τεχνίτες στη Φλωρεντία. Η μονή γνώρισε ημέρες μεγάλης ακμής για πολλές δεκαετίες, ενώ κατά την περίοδο της γερμανικής κατοχής ο Μυκονιάτης ηγούμενος Δωρόθεος, μετέπειτα Μητροπολίτης Σύρου, την είχε μετατρέψει σε χώρο αντίστασης.
Iερά Μονή της Παναγίας της Παλαιοκαστριανής, Παλαιόκαστρο
Η Παναγία η Παλαιοκαστριανή είναι ένα γυναικείο μοναστήρι, που φέρεται να χτίστηκε κατά τον 17ο αιώνα. Περιβάλλεται από ψηλά τείχη, όπως άλλωστε τα περισσότερα μοναστήρια των Κυκλάδων. Είναι χτισμένο στα βόρεια της Άνω Μεράς, ανατολικά της παραλίας της Φτελιάς. Ο λόφος ονομάζεται Παλιόκαστρο και γι’ αυτό πήρε το όνομα Παναγία Παλαιοκαστριανή.
Το μοναστήρι, το οποίο σήμερα έχει μόνο μία μοναχή, πάντα είχε μικρή μοναστική κοινότητα. Διάφοροι περιηγητές αναφέρουν ότι στις αρχές του 18ου αιώνα οι μοναχές δεν ήταν περισσότερες από πέντε. Την περίοδο του Όθωνα απειλήθηκε με αφανισμό. Οι μοναχές ήταν γριές και άρρωστες, αλλά τελικά προβλέφθηκε μια σύνταξη 10 δραχμών για κάθε μία. Η μονή γιορτάζει στις 15 Αυγούστου (Κοίμηση της Θεοτόκου).
