Πρόκειται για ένα από τα σπουδαιότερα καλοδιατηρημένα παλαιοχριστιανικά μνημεία που βρίσκονται στην ελληνική επικράτεια, και μάλιστα το μεγαλύτερο σε μέγεθος. Σύμφωνα με την παράδοση, το αρχικό κτίσμα του ναού αυτού ήταν έργο του Μεγάλου Κωνσταντίνου, προκειμένου να εκπληρώσει την επιθυμία της μητέρας του, Αγίας Ελένης. Η παράδοση αναφέρει ότι κατά το ταξίδι της Βασιλομήτορος Ελένης προς τους Αγίους Τόπους, λόγω μεγάλης θαλασσοταραχής, το πλοίο όπου επέβαινε αναγκάσθηκε να καταφύγει στην Πάρο. Εκεί, προσευχόμενη η Αγία Ελένη στην Παναγία, προστάτιδα της Πόλης, έταξε με την ολοκλήρωση του ταξιδιού της να κτίσει μια μεγαλοπρεπή εκκλησία αφιερωμένη στη χάρη Της. Το τάμα αυτό ήταν που υλοποίησε ο γιος της, Μέγας Κωνσταντίνος, χτίζοντας μια τρίκλιτη βασιλική περί τον 4ο αιώνα.
Επί εποχής του Ιουστινιανού, τον 6ο αιώνα, ο ναός αυτός ανακαινίσθηκε με τροποποιήσεις των παλαιοχριστιανικών τμημάτων και ανακατασκευές, κατά τις οποίες, αφαιρούμενη η παλαιά σκεπή, προστέθηκε τρούλος με ημιθόλια. Κατά την παράδοση, τις μετατροπές αυτές έκανε μαθητής του αρχιτέκτονα της Αγίας Σοφίας, που ξεπέρασε στη τέχνη και τον δάσκαλό του.
Τελικά, με τις διάφορες μετατροπές και προσθήκες, το κτιριακό συγκρότημα πλέον της Εκατονταπυλιανής αναδείχθηκε σ’ ένα σύμμεικτο αρχιτεκτόνημα με παλαιοχριστιανικά, βυζαντινά, ακόμα και μεταβυζαντινά στοιχεία αρχιτεκτονικής, που προστέθηκαν κατά καιρούς και που αποτελούν μια ιδανική περίπτωση μελέτης τους. Λαμβάνοντας, δε, υπόψη ότι οι πρώτοι Χριστιανοί επέλεγαν τόπους αρχαίων ναών, με τα δομικά υλικά των οποίων κατασκεύαζαν τους δικούς τους ναούς, το συγκρότημα της Εκατονταπυλιανής περιλαμβάνει, επίσης, μαρμάρινα μέρη από την αρχαιότητα, αναδεικνύοντας, έτσι, μια συνέχεια από εκείνη την εποχή μέχρι σήμερα. Σημειώνεται ότι στην αρχαιότητα, αμέσως μετά τη Δήλο, τα περισσότερα ιερά θεοτήτων σε νησιά βρίσκονταν στην Πάρο και τη Νάξο.
Και οι δύο ονομασίες του ναού, «Εκατονταπυλιανή» και «Καταπολιανή», είναι γνωστές από τα μέσα του 16ου αιώνα. Η επίσημη ονομασία είναι Εκατονταπυλιανή, όπου, σύμφωνα με την παράδοση, 99 πύλες (πόρτες) είναι φανερές, ενώ η 100ή θα φανερωθεί με το άνοιγμα αντίστοιχης μυστικής πόρτας που βρίσκεται στην Αγια-Σοφιά.
Το όλο κτιριακό συγκρότημα της Εκατονταπυλιανής Πάρου περιλαμβάνει τον κυρίως ναό της Παναγίας με τα εσωτερικά αυτού παρεκκλήσια των Αγίων Αναργύρων, του Αγίου Φιλίππου και της Οσίας Θεοκτίστης (που έζησε και κοιμήθηκε στον ναό της Καταπολιανής τον 9ο αιώνα) και εκτός του ναού τη Βασιλική του Αγίου Νικολάου, τον Ναό της Αγίας Θεοδοσίας, το παρεκκλήσιο του Αγίου Δημητρίου, το Βαπτιστήριο, που αποτελεί ιδιαίτερο χώρο, καθώς και τα γύρω κελιά, τα οποία ως οχυρωματικό έργο προστάτευαν το όλο συγκρότημα.
Η επίσημη ονομασία είναι Εκατονταπυλιανή, όπου, σύμφωνα με την παράδοση, 99 πύλες (πόρτες) είναι φανερές, ενώ η 100ή θα φανερωθεί με το άνοιγμα αντίστοιχης μυστικής πόρτας που βρίσκεται στην Αγια-Σοφιά
Διερχόμενος σήμερα ο επισκέπτης-προσκυνητής τη μεγάλη κεντρική σιδερένια πόρτα του συγκροτήματος, βρίσκεται στο αίθριο αυτού, απ’ όπου η θέα της πρόσοψης του κυρίως ναού με τη μεγάλη διώροφη τρίλοβη πύλη και το υπέρ αυτής αέτωμα πραγματικά εντυπωσιάζει. Στον αίθριο αυτό χώρο βρίσκονται λίγες κολώνες και διάφορα μάρμαρα της βάσης της άλλοτε υπάρχουσας εκεί «φιάλης καθαρμών», όπου οι πιστοί έπλεναν συμβολικά τα χέρια τους πριν εισέλθουν στον ναό.
Ο κύριος ναός της Παναγίας είναι ευρύχωρος στο κέντρο του, με λίγους κίονες και μάρμαρα, αλλά με πολλές παραστάδες. Ο τρούλος είναι σχετικά μικρός, ο οποίος επιστέφει χαμηλό οκτάγωνο πυργωτό αρχιτεκτόνημα που ουδεμία, όμως, σχέση έχει με εκείνο το κυκλοτερές της Αγίας Σοφίας. Παρά ταύτα, τόσο το μέγεθος και η λιτότητα όσο και η εσωτερική ενότητα και η αρχαιοπρέπειά του συναρπάζουν. Στα δύο από τα τέσσερα σφαιρικά τρίγωνα του θόλου φέρονται παραστάσεις των εξαπτέρυγων Σεραφείμ, όπως έχουν αγιογραφηθεί και στην Αγια-Σοφιά.
Στο ιερό εικονοστάσιο που χωρίζει τον κυρίως ναό από το Ιερό Βήμα φέρεται η ιερή εικόνα της Παναγίας της Εκατονταπυλιανής, που θεωρείται έργο μόλις του 17ου αιώνα. Στον κυρίως ναό φέρονται ως προσθήκες ιδιαίτερα δωμάτια που αποτελούν ιερά παρεκκλήσια. Έτσι, στο αριστερό τμήμα υφίσταται ένα ευρύ παρεκκλήσιο αφιερωμένο στον Άγιο Νικόλαο και ένα έτερο των Αγίων Αναργύρων, ενώ στο δεξιό βρίσκονται του Αγίου Φιλίππου και της Οσίας Θεοκτίστης, εντός του οποίου υφίσταται και το μνήμα της.
Στη νότια πλευρά, εκτός του μεγάλου ναού, βρίσκεται το αρχαίο Βαπτιστήριο, που ανάγεται στον 4ο αιώνα και θεωρείται το καλύτερα διατηρημένο βαπτιστήριο όλης της Ορθόδοξης Ανατολής. Πρόκειται για ιδιαίτερο ναό, τρίκλιτη βασιλική με τρούλο και νάρθηκα, χαμηλότερο του κύριου ναού. Στον χώρο του Ιερού Βήματος, που λεγόταν στους βυζαντινούς χρόνους «Εσωτερικός Οίκος», ή «Φωτιστήριον», υφίσταται μαρμάρινη σταυρόσχημη κολυμβήθρα, όπου το μεγαλύτερο καθ’ ύψος μέρος της βρίσκεται μέσα στο έδαφος. Στις δε πλευρικές μαρμάρινες επιφάνειες που προεξέχουν του εδάφους υπάρχουν ανάγλυφοι σταυροί και κυκλικά μονογράμματα.
Απ’ όλα τα παραπάνω, εκτός από τον κυρίως ναό, ως οικοδομή ιδιαίτερα μνημεία βυζαντινής τέχνης θεωρούνται το Κιβώριο, το σύνθρονο και το Βαπτιστήριο, στα οποία και αποδίδεται ιδιαίτερη ιστορική και καλλιτεχνική αξία.
Συνολικά, ο ναός της Εκατονταπυλιανής Πάρου αποτελεί το μεγαλύτερο ιερό προσκύνημα όχι μόνο στη περιφέρεια της Ιεράς Μητρόπολης Παροναξίας, όπου υπάγεται, αλλά και σε όλο τον ελληνικό χώρο, μετά το συγκρότημα του Αγίου Όρους. Η δε ιερή εικόνα της Παναγίας της Εκατονταπυλιανής, που είναι έργο του 17ου αιώνα, αποτελεί τη δεύτερη προσκυνηματική εικόνα των Κυκλάδων μετά την ιερή εικόνα της Παναγίας της Τήνου.
Ένα γραπτό ιστορικό τεκμήριο
Η μοναδική γραπτή αναφορά περί του ναού της Καταπολιανής περιλαμβάνεται στο «Βίος και Πολιτεία της Οσίας και Αειμνήστου Θεοκτίστης της Λεσβίας» (που είχε αφιερωθεί στον ναό αυτό και που τιμάται στις 9 Νοεμβρίου), που επιμελήθηκε ο επιφανής Βυζαντινός άρχοντας Συμεών Μεταφραστής, που έζησε τον 10ο αιώνα. Ο λόγιος αυτός συμμετείχε και σε μια από τις τέσσερις εκστρατείες του Βυζαντινού ναυάρχου Ιμέριου (άρχοντα του δρόμου και του στόλου) κατά των Σαρακηνών, την περίοδο 903-911, πιθανότερα σε εκείνη του 903, όπου, κατευθυνόμενος ο στόλος προς την Κρήτη, κατέφυγε, λόγω θαλασσοταραχής, στον όρμο της Παροικιάς, όπου και επισκέφθηκε με τον ναύαρχο τον ναό.
