Δεν μπορούσε να είναι διαφορετικά: Όλη η πορεία της Εκκλησίας της Κρήτης διακρίνεται από την ιδρυσή της μέχρι σήμερα για τη «λεβεντιά» των ανθρώπων που την υπηρέτησαν και την υπηρετούν, την αγάπη της και την προσήλωσή της στις αρχές της ελευθερίας και της υπεράσπισης των δικαίων των κατοίκων του νησιού. Το γεγονός ότι επισήμως δεν ανήκει στην ιστορία της Ελλάδας ουδόλως την επηρέασε να συμμετέχει ενεργά στους αγώνες του Έθνους, άλλοτε με τη φυσική παρουσία μοναχών και ιερέων και άλλοτε με την υλική και ηθική ενίσχυση κάθε προσπάθειας κατά των κατακτητών.
Επισήμως είναι «ημιαυτόνομος, έχουσα την κανονικήν εξάρτησιν αυτής εκ του Οικουμενικού Πατριαρχείου». Αυτή η σχέση την έχει καταστήσει σημαντική για το Φανάρι αλλά και για την Ελλάδα.
Δεκάδες είναι οι ναοί, τα μοναστήρια αλλά και τα απλά προσκυνήματα τα οποία έχουν ταυτιστεί με την τοπική κοινωνία, διατηρώντας στο έπακρο τα χαρακτηριστικά των κατοίκων του νησιού, που έχουν να κάνουν με την παλικαριά, τους αγώνες, παλαιότερα, αλλά και το σύγχρονο πνεύμα συμμετοχής στην ανάπτυξη, σήμερα. Από το Αρκάδι έως τη Μονή Τομπλού, τα μοναστήρια της Κρήτης παραμένουν ζωντανοί θρύλοι της Ορθοδοξίας στη Μεσόγειο.
Η ιερή φλόγα από τον 1ο αιώνα μ. Χ.
Ο πρώτος πυρήνας, σύμφωνα με τον καθηγητή Θεοχάρη Δετοράκη, δημιουργήθηκε το 64 μ.Χ. από τον Απόστολο Παύλο κατά την γ’ περιοδεία του. Οι πρώτοι κήρυκες, όμως, του Χριστιανισμού στη νήσο ήταν οι Εβραιοκρήτες, που παραβρέθηκαν στο κήρυγμα του Πέτρου την ημέρα της Πεντηκοστής στα Ιεροσόλυμα. Το έργο του Αποστόλου Παύλου για τον εκχριστιανισμό της Κρήτης ανέλαβε να συνεχίσει ο μαθητής του Τίτος, που έγινε και ο πρώτος της επίσκοπος. Οι αντιδράσεις πολλές, με αποκορύφωμα τον διωγμό του Δεκίου (249-251 μ.Χ.), όπου «…η Κρήτη προσέφερε τους Δέκα Καλλίνικους μάρτυρες, που είναι εφεξής και η μεγάλη δόξα της. Οι Βυζαντινοί συγγραφείς, οσάκις αναφέρονται στην Κρήτη, δεν παραλείπουν να μνημονεύσουν και τους Δέκα Καλλίνικους μάρτυρες ως ύψιστο τίτλο τιμής για τη νήσο».
Σιγά σιγά, όμως, η Κρητική Εκκλησία συγκροτήθηκε σε «κανονικό σώμα» με προκαθήμενο και επισκόπους, που αποτέλεσαν την τοπική Σύνοδο. Ο προκαθήμενος της Εκκλησίας της Κρήτης έφερε τον τίτλο του αρχιεπισκόπου και η Κρήτη ήταν μια από τις δώδεκα αρχιεπισκοπές του Ιλλυρικού (όπως ονομαζόταν τότε η Βαλκανική Χερσόνησος).
Οι πρώτοι διάδοχοι του Τίτου δεν είναι γνωστοί, όμως στη συνέχεια οι επίσκοποι Γορτύνης Φίλιππος, Κύριλλος και Ευμένιος ανέλαβαν να προστατέψουν το έργο του και, για τον λόγο αυτόν, τιμώνται και ως άγιοι. Κατά την πρώτη βυζαντινή περίοδο ο προκαθήμενος της Εκκλησίας της Κρήτης είχε έδρα τη Γόρτυνα, που ήταν και το διοικητικό κέντρο της νήσου ήδη από την εποχή της Ρωμαιοκρατίας. Εδώ ιδρύθηκε τον 6ο αιώνα, πιθανώς επί Ιουστινιανού, μεγαλοπρεπής ξυλόστεγη βασιλική προς τιμήν του πρώτου επισκόπου και πάτρωνα της Κρητικής Εκκλησίας Αποστόλου Τίτου και ο ναός αυτός εξελίχθηκε σε μέγα προσκύνημα, από τα μεγαλύτερα της χριστιανικής Ανατολής.
Στις αρχές του 8ου αιώνα οι επισκοπές ήταν δώδεκα και η Κρήτη αποκαλείτο πλέον «δωδεκάθρονος». Μέχρι τότε η Αρχιεπισκοπή Κρήτης υπαγόταν διοικητικά στον θρόνο της Ρώμης. Την περίοδο της εικονομαχίας Βυζαντινοί αυτοκράτορες την απέσπασαν και την προσάρτησαν στον θρόνο της Κωνσταντινουπόλεως (περί το 754), επειδή ο Πάπας είχε ταχθεί με το μέρος των εικονόφιλων.
Την περίοδο της Αραβοκρατίας (περίπου 824-961 μ.Χ.) οι Άραβες (σ.σ.: ίδρυσαν το εμιράτο με κέντρο τον Χάνδακα, το σημερινό Ηράκλειο) στην ουσία απέκοψαν την Κρήτη για περίπου 135 χρόνια από τον κορμό της Βυζαντινής Αυτοκρατορίας και από την Εκκλησία της Κωνσταντινουπόλεως. Οι μητροπολίτες της δεν ζούσαν στο νησί και χειροτονούνταν από το Φανάρι ως τιτουλάριοι.
Η νέα περίοδος άρχισε μετά την ανάκτηση της Κρήτης από τον Νικηφόρο Φωκά το 961 και ο Χάνδακας από κέντρο του αραβικού εμιράτου μετατράπηκε σε νέο θρησκευτικό κέντρο, στο οποίο μεταφέρθηκε και η έδρα του προκαθημένου της Εκκλησίας Κρήτης. Τότε, προς τιμήν του πρώτου επισκόπου, Τίτου, στον Χάνδακα ιδρύθηκε ο μητροπολιτικός ναός προς τιμή του και ανακηρύχθηκε προστάτης της Κρητικής Εκκλησίας.
Την περίοδο της Αραβοκρατίας οι μητροπολίτες της Κρήτης δεν ζούσαν στο νησί και χειροτονούνταν από το Φανάρι ως τιτουλάριοι
Βενετοκρατία
Η πλέον δύσκολη περίοδος για την Κρητική Εκκλησία ήταν αυτή της Βενετοκρατίας (1204-1669), κατά την οποία έγιναν πολλά:
- Απομακρύνθηκαν οι Ορθόδοξοι αρχιερείς.
- Η Εκκλησία της Κρήτης ονομάστηκε αρχιεπισκοπή, κατά τα λατινικά πρότυπα.
- Εγκατέστησαν Λατίνο αρχιεπίσκοπο και Λατίνους επισκόπους, σε μια φανερή προσπάθεια να εκλατινίσουν τον Ορθόδοξο κρητικό λαό.
Εκείνη την περίοδο την «ορφανή Εκκλησία» στήριξαν τα πολυάριθμα Ορθόδοξα μοναστήρια, δραστήριοι ηγούμενοι και λόγιοι μοναχοί και ο απλός κλήρος των χωριών και των αστικών κέντρων. Όπως επισημαίνεται από τον Θεοχάρη Δετοράκη: «Τα μοναστήρια ήταν οι μεγάλες και ισχυρές εστίες της βυζαντινής παράδοσης και της Ορθοδοξίας στη βενετοκρατούμενη Κρήτη. Η μοναστική Ορθοδοξία της Κρήτης ύψωσε αρραγές τείχος ανάμεσα στους κυρίαρχους Βενετούς και τον βασανιζόμενο λαό και διαφύλαξε, έτσι, όχι μόνο τη θρησκευτική, αλλά και την εθνική ενότητα της νήσου σε καιρούς εξαιρετικά σκληρούς. Οι πρωτοπαπάδες, που είχαν την έδρα τους στις πόλεις της νήσου και στα μεγάλα κέντρα της υπαίθρου, ήταν άνθρωποι του καθεστώτος, ουνίτες κατά το δόγμα, μισθοδοτούμενοι από το κράτος, με όχι πάντοτε ακμαία εθνική και θρησκευτική συνείδηση».
Το Πατριαρχείο, σε μια προσπάθεια να στηρίξει την Ορθοδοξία εκείνη την περίοδο, έστειλε στην Κρήτη τον θεόλογο και κήρυκα του Ευαγγελίου Ιωσήφ Βρυέννιο, ο οποίος παρέμεινε στην Κρήτη περίπου μία εικοσαετία (1381-1401) και στήριξε την Ορθοδοξία στη νήσο και αντιμετώπισε επιτυχώς τους φιλοδυτικούς θεολόγους της εποχής, όπως τον Μάξιμο Χρυσοβέργη και τον Δημήτριο Κυδώνη.
Τουρκοκρατία
Μετά τους Ενετούς ήρθε η σειρά των Τούρκων (1645-1898), για να αλλάξει τη κατάσταση. Μια από τις πρώτες πολιτικές πράξεις της τουρκικής διοίκησης ήταν και η αποκατάσταση της Ορθόδοξης ιεραρχίας στην Κρητική Εκκλησία.
Στον Μητροπολίτη Κρήτης υπάγονταν τότε δώδεκα επισκοπές, που διατηρούσαν, μάλιστα, τα ιστορικά ονόματα: Γορτύνης, Κνωσού, Αρκαδίας, Χερρονήσου, Αυλοποτάμου, Αγρίου (=Ρεθύμνης), Λάμπης, Κυδωνίας, Ιεράς, Πέτρας, Σητείας και Κισσάμου. Στη διάρκεια της Τουρκοκρατίας ο αριθμός αυτός των επισκόπων κυμαίνεται από 10 έως 12.
Μετά το 1700 ο Μητροπολίτης Κρήτης τιτλοφορείται «Κρήτης και πάσης Ευρώπης». Εκτός από τα διοικητικά προβλήματα που αντιμετώπιζε ο Μητροπολίτης Κρήτης κατά τους σκοτεινούς χρόνους της Τουρκοκρατίας, μείζον πρόβλημα ήταν και η έλλειψη μητροπολιτικού ναού. Μετά την άλωση του Χάνδακα, οι Τούρκοι αναγνώρισαν και παραχώρησαν στους Χριστιανούς του Χάνδακα μόνο μία εκκλησία, τον Άγιο Ματθαίο. Με σκληρούς αγώνες ο Μητροπολίτης Κρήτης Γεράσιμος Λετίτζης πέτυχε να αποσπάσει την άδεια και να ανεγείρει το μικρό ναό του Αγίου Μηνά, ο οποίος συνδέθηκε με την ιστορία και τη ζωή του τουρκοκρατούμενου Χάνδακα.
Τότε ήταν που το Φανάρι έσπευσε να θέσει υπό την προστασία του τα μεγάλα μοναστήρια της Κρήτης, ανακηρύσσοντάς τα σταυροπηγιακά. Για τον λόγο αυτό, ο πρώτος μητροπολίτης της περιόδου της Τουρκοκρατίας, Νεόφυτος Πατελλάρος, παραχώρησε στο Οικουμενικό Πατριαρχείο ήδη από το 1654 μερικά πλούσια και μεγάλα κρητικά μοναστήρια, όπως του Αρκαδίου, του Αρσανίου, της Αγίας Τριάδος των Τζαγκαρόλων, της Θεοτόκου του Γδερνέττου, της Χρυσοπηγής των Χανίων, της Ιερουσαλήμ Μαλεβυζίου κ.ά.
Η κατάσταση έγινε δραματική κατά τη μεγάλη επανάσταση του 1821. Στη μεγάλη σφαγή του Ηρακλείου της 24 Ιουνίου 1821, οι εξαγριωμένοι Τούρκοι κατέσφαξαν τον Μητροπολίτη Κρήτης Γεράσιμο Παρδάλη και πέντε επισκόπους: τον Κνωσού Νεόφυτο, τον Χερρονήσου Ιωακείμ, τον Λάμπης Ιερόθεο, τον Σητείας Ζαχαρία και τον τιτουλάριο επίσκοπο Διοπόλεως Καλλίνικο. Άφησαν, έτσι, για περίπου τρία χρόνια την Εκκλησία ακέφαλη. Κατά το 1823, με άδεια του σουλτάνου Μαχμούτ Δ’, το Πατριαρχείο χειροτόνησε Μητροπολίτη Κρήτης τον Καλλίνικο.
Στη μεγάλη σφαγή του Ηρακλείου της 24 Ιουνίου 1821, οι εξαγριωμένοι Τούρκοι κατέσφαξαν τον Μητροπολίτη Κρήτης Γεράσιμο Παρδάλη και πέντε επισκόπους
Στον 20ο αιώνα και έως σήμερα
Η κατάσταση της Εκκλησίας Κρήτης ρυθμίστηκε με τον καταστατικό Νόμο 276/1900 της Κρητικής Πολιτείας. Με τον νόμο αυτόν καταργήθηκε οριστικά και η επισκοπή Χερσονήσου, η οποία επίσης προσαρτήθηκε στη Μητρόπολη Κρήτης. Παγιώθηκε, έτσι, μια κατάσταση που ισχύει με ελάχιστες τροποποιήσεις έως σήμερα, σύμφωνα με τον καταστατικό νόμο 4149/1961. Ο προκαθήμενος της Κρητικής Εκκλησίας εκλέγεται από το Πατριαρχείο της Κωνσταντινουπόλεως και η ενθρόνισή του γίνεται με διάταγμα της Ελληνικής Πολιτείας.
Το 1962, με την πράξη 812 του Οικουμενικού Πατριαρχείου, όλοι οι επίσκοποι Κρήτης έλαβαν τον τίτλο του μητροπολίτη, ενώ αργότερα, με την πράξη 283 της 28ης Φεβρουαρίου 1967, η Μητρόπολη Κρήτης ανακηρύχθηκε σε αρχιεπισκοπή και ο Μητροπολίτης Κρήτης σε αρχιεπίσκοπο.
