Μονή Φιλανθρωπινών
Τα Ιωάννινα κατά τον 16ο αιώνα είχαν εξελιχθεί σε ένα από τα σημαντικότερα μοναστηριακά κέντρα εκείνης της περιόδου. Η πιο εντυπωσιακή πολιτεία, ένας μικρός Μυστράς, είχε αναπτυχθεί στο ιστορικό νησί της λίμνης Παμβώτιδος, που λόγω της θέσης του είχε γίνει καταφύγιο για ασκητές αλλά και για τον ίδιο τον Αλή Πασά. Σημαντικό κεφάλαιο για το νησί αποτελεί η Μονή του Αγίου Νικολάου του Νησιού, για την οποία υπάρχει σχετική αναφορά από τον κληρικό Μιχαήλ Φιλανθρωπινό. Ο Μιχαήλ, που ανακαίνισε το 1292 τη μονή, προερχόταν από μεγάλη αρχοντική οικογένεια της πόλεως των Ιωαννίνων. Το μοναστήρι βρίσκεται σε βραχώδες ύψωμα στο νοτιοδυτικό άκρο του οικισμού του νησιού.
Μονή Στρατηγοπούλου
Σε μικρή απόσταση από τη Μονή Φιλανθρωπινών, βρίσκεται η Μονή Στρατηγοπούλου ή Ντίλιου. Η μονή εκτιμάται ότι ιδρύθηκε τον 13ο αιώνα. Η διπλή ονομασία πιθανώς να οφείλεται στους ιδρυτές και τους ευεργέτες της μονής. Η οικογένεια Στρατηγοπούλου ήταν από τις πιο ισχυρές οικογένειες των Ιωαννίνων. Η οικογένεια Ντίλιου ευεργέτησε τη μονή τον 17ο αιώνα.
Μονή Ελεούσας
Νοτιότερα από τις Μονές Φιλανθρωπινών και Ντίλιου βρίσκεται η Μονή Ελεούσας ή Αγίου Νικολάου των Ανέμων ή των Γκιουμάτων ή των Μεθοδάτων. Και εδώ το μοναστήρι φέρει διάφορες ονομασίες, προφανώς από τις οικογένειες των Ιωαννίνων, οι οποίες το στήριξαν άμεσα. Η ονομασία «Ελεούσα» οφείλεται σε εικόνα της Παναγίας Ελεούσας, που μεταφέρθηκε στη μονή τον 16ο αιώνα. Μεταξύ των κειμηλίων της μονής εντάσσονται και ορισμένες αξιόλογες φορητές εικόνες του 16ου αιώνα, καθώς και έντυπα βιβλία που έχουν εκδοθεί στη Βενετία.
Μονή Μεταμορφώσεως
Σε μικρή απόσταση από τη Μονή Ελεούσας βρίσκεται η Μονή Μεταμορφώσεως του Σωτήρα. Για τη μονή δεν υπάρχουν αρκετές μαρτυρίες. Φαίνεται ότι ιδρύθηκε τον 17ο αιώνα, καθώς και ότι είχε σχέσεις με τον Πάνο Ιερομνήμονα, επιφανή Γιαννιώτη έμπορο της Βενετίας. Πυρπολήθηκε κατά τη διάρκεια της πολιορκίας των Ιωαννίνων του Αλή Πασά από τα σουλτανικά στρατεύματα, το 1822.
Μονή Προφήτου Ηλιού
Στη ψηλότερο σημείο του νησιού υψώνεται η Μονή του Προφήτου Ηλιού. Η μονή εκτιμάται ότι ιδρύθηκε στην υστεροβυζαντινή περίοδο και φαίνεται να καταστράφηκε από τα σουλτανικά στρατεύματα, το 1822.
Μονή Αγίου Παντελεήμονος
Νοτιοανατολικά του οικισμού βρίσκεται η Μονή του Αγίου Παντελεήμονος. Η ίδρυση της μονής ανάγεται πριν από τις αρχές του 16ου αιώνα, όπως φανερώνει η αυτοβιογραφία δύο τοπικών ασκητών με αρχοντική καταγωγή, των Οσίων Νεκταρίου και Θεοφάνους των Αψαράδων.
Στα νότια κελιά της δολοφονήθηκε, από άνδρες του Χουρσίτ Πασά, ο Αλή Πασάς των Ιωαννίνων, τον Γενάρη του 1822. Σήμερα, στα κελιά αυτά λειτουργεί μουσείο της προεπαναστατικής περιόδου, ενώ στα βόρεια φυλάσσεται συλλογή χειρογράφων και παλαιοτύπων από τις μονές της νήσου.
Μονή Προδρόμου
Σε πολύ μικρή απόσταση από τη Μονή του Αγίου Παντελεήμονος βρίσκεται η Μονή του Αγίου Ιωάννου του Προδρόμου, η οποία ιδρύθηκε στα 1506-7 από τους Οσίους Νεκτάριο και Θεοφάνη τους Αψαράδες, τους μετέπειτα ιδρυτές της Μονής Βαρλαάμ των Μετεώρων.
