Η Παλαιά Ιερά Μονή Προφήτου Ηλιού κτίστηκε στην κορυφή του Ηλιοβουνίου (560 μ.) πάνω από το χωριό Πέτρα, που βρίσκεται στο δρόμο από Πρέβεζα προς Άρτα. Έγινε αυτοτελής επί των ημερών του ιερομονάχου Καλλίστου, το έτος 1720, ενώ μέχρι τότε ήταν μετόχιο της Μονής Ρωγών. Ο ηγούμενος Κάλλιστος επισκεύασε τον μικρό ναό που προϋπήρχε και το 1735 ανοικοδόμησε νέα κελλιά. Στα μέσα του 19ου αιώνος (1852) ο ηγούμενος Διονύσιος Β', στην θέση του παλαιού ναού ανήγειρε νέο και ανέλαβε την κατασκευή, στον ποταμό Λούρο πριν από την Φιλιππιάδα, της γνωστής μέχρι και σήμερα «γέφυρας του Καλογήρου».

Η προσφορά της Μονής προς τους υποδούλους χριστιανούς της περιοχής υπήρξε ανεκτίμητη στη διάρκεια της Τουρκοκρατίας. Απ' αυτό εξηγούνται και όσα υπέστη από τους κατακτητές. Αναφέρεται, μάλιστα, ότι ο Μουχτάρ πασάς, γιός του  Αλή, συνέλαβε χωρίς λόγο τον ηγούμενό της Διονύσιο Α΄, άνδρα ενάρετο και σεβάσμιο, και τον βασάνισε αφαιρώντας του τα δόντια. Ο ίδιος ο Αλής, αφού κάποτε λεηλάτησε το μοναστήρι, κακοποίησε τον ηγούμενο Αγάπιο (1780), τον φυλάκισε στα Ιωάννινα και στο τέλος τον επώλησε στην Αλγερία, όπου και απεβίωσε από τις κακουχίες.

Ιδιαίτερη ήταν η συμβολή της Μονής στην παιδεία των υποδούλων, καθότι χρηματοδοτούσε με 22.000 γρόσια τον χρόνο τα σχολεία της περιοχής.

Στη διάρκεια του ατυχούς ελληνοτουρκικού πολέμου του 1897, η Μονή υπέστη σοβαρές καταστροφές. Την χαριστική βολή όμως, έδωσαν σ' αυτήν οι δυνάμεις Κατοχής (1943-44), που πυρπόλησαν τα κτίσματά της, επειδή αποτελούσε κέντρο εθνικής αντιστάσεως της περιοχής. Εκ θαύματος σώθηκε το περίφημο Καθολικό με το αξιόλογο γλυπτό πέτρινο τέμπλο του.

Επί των ημερών του Μητροπολίτου Νικοπόλεως και Πρεβέζης Μελετίου, η Μονή μεταφέρθηκε σε ανεγερθέν εκ θεμελίων νέο κτιριακό συγκρότημα κοντά στην κοινότητα Φλάμπουρα, 15 χιλιόμετρα από την Πρέβεζα, επί της οδού προς την Άρτα.

Η μονή συνδέθηκε από την τότε ηγεσία των αποσπασμάτων και με την περιβόητη ληστεία της Πέτρας  από τους Ρετζαίουςπου είχε συγκλονίσει την Ελλάδα.Τότε τυχαία θα βρεθούν στο καρτέρι των ληστών ψίχουλα από πρόσφορο, και οι έρευνες θα στραφούν αμέσως στο κοντινό μοναστήρι του προφήτη Ηλία. Ο ηγούμενος Παπαγιάννης, πρώην λήσταρχος και ο ίδιος στην περιοχή της Αλβανίας, και μετέπειτα εθνικός ήρωας, αφού βοηθούσε τον ελληνικό στρατό σε εκκαθαριστικές επιχειρήσεις, θα είναι ο πρώτος που θα συλληφθεί. Θα βασανιστεί πολύ άγρια παρουσία του πρωτοσύγκελου της μητρόπολης, που στα διαλείμματα τον παροτρύνει να μιλήσει. Θα βασανίσουν μπροστά του και τον πιτσιρικά παραγιό του, που είχε στη δούλεψή του στο μοναστήρι.