Η αρχαιότερη μητρόπολη της Ηπείρου είναι αυτή της Νικοπόλεως για την οποία υπάρχουν αναφορές από τον 6ο αιώνα. Όμως μετά την καταστροφή που υπέστη από τους Βούλγαρους το 896-900 προσαρτήθηκε στην μητρόπολη Ναύπακτου.
- Η μητρόπολη Ιωαννίνων προέκυψε μετά από αναβάθμιση της επισκοπής Ιωαννίνων κατά το 1285 από τον αυτοκράτορα Ανδρόνικο Β’ τον Παλαιολόγο. Στη νέα μητρόπολη προσαρτήθηκαν οι επισκοπές Άρτας, Αχελώου, Βουθρωτού, Γλυκέος, Παραμυθιάς, Γηρομερίου, Βελλάς, Δρυινουπόλεως και Χιμάρας και οι εκκλησίας Λευκάδας και Κέρκυρας.
- Το 1813 η μητρόπολη Άρτας έγινε και πάλι αυτόνομη, και ανακηρύχτηκε σε μητρόπολη του Οικουμενικού Πατριαρχείου, αλλά το 1882 εντάχθηκε στην Αυτοκέφαλη Εκκλησίας της Ελλάδας.
- Η μητρόπολη Μετσόβου ιδρύθηκε το 1924 και τέσσερα χρόνια αργότερα διαλύθηκε. Η ανάδειξη του Μετσόβου σε μητρόπολη έγινε για να βρουν θέση μητροπολίτες από την Μικρά Ασία, οι οποίοι είχαν φτάσει στην Ελλάδα ως πρόσφυγες.
- Η μητρόπολη Βελλάς και Πωγωνιανής, ιδρύθηκε το 1834.Το 1936 μετονομάζεται σε μητρόπολη Δρυινουπόλεως, Πωγωνιανής και Κονίτσης, όπως παραμένει μέχρι σήμερα.
- Η μητρόπολη Παραμυθίας-Φιλιατών και Γηρομερίου ιδρύθηκε το 1895, διαλύθηκε στη συνέχεια και ξανασυστήθηκε στη σημερινή της μορφή του το 1928.
- Η μητρόπολη Νικοπόλεως και Πρεβέζης μετά από διάφορα στάδια ιδρύθηκε εκ νέου το 1881 με την ένταξη σε αυτή και τμημάτων της Άρτας.
Ο χριστιανισμός φαίνεται πως διαδόθηκε στην Ήπειρο από τον Απόστολο Παύλο την περίοδο 62-65. Η αρχή έγινε από την μητρόπολη Πρέβεζας και φαίνεται ότι για πρώτη φορά δίδαξε στον ναό των Αγίων Αποστόλων στο 17ο χιλιόμετρο του δρόμου Άρτας- Πρέβεζας. Κατ΄ άλλους ο εκχριστιανισμός έγινε βαθμιαία από την Θεσσαλία θέση που μάλλον δεν αντέχει αφού αποδεδειγμένα στην Νικόπολη κήρυξε τον λόγο του θεού ο Απόστολος Παύλος, αλλά και η Μαρία η Μαγδαληνή.
Τα πρώτα μοναστήρια άρχισαν να κτίζονται τον 3ο και τον 4ο αιώνα. Η μεγάλη άνθιση ήρθε με το Δεσποτάτο της Ηπείρου, περίοδο κατά την οποία κτίζονται δεκάδες ναοί και μοναστήρια. Ναοί και μοναστήρια κτίζονται- και προστατεύονται στην Ήπειρο και περίοδο του Αλή Πασά ο οποίος μάλιστα επιβάλλει στους κατοίκους να δωρίσουν εκτάσεις και περιουσίες μπαίνοντας σε ασυνήθιστες λεπτομέρειες. Για παράδειγμα για ένα χωράφι στέλνει στις 8 Σεπτεμβρίου 1795 επιστολή στους κατοίκους του χωριού Ρουψιάς: «…ο ορισμός του υψηλοτάτου και πολυχρονεμένου Αλή Πασά, εις σας, αγαπημένοι μου Σιουμπασιάδες του χωρού Ρουψιά. Αλλο δεν σας γράφω. Το χωράφι εις τον Άγιο Αθανάσιο ‘ ς το Παληοκκλήσι και το χωράφι ΄ς στο Σιάδι ‘ς στα Σελιά να μη το ημοργιάσητε οτι το αφήκα να ξηπεριτέυηται η εκκλησία του χωρίου, όθεν κατά την προσταγήν μου να μη μπερδεύησθε εις αυτά τα χωράφια ούτε’ς το σπυρί, ούτε ΄ς το άχυρο και όχι άλλο».
Κάποιοι υποστηρίζουν ότι ο Αλή Πασάς ήταν αυτός που ίδρυσε στη Βόρειο Ήπειρο τη μονή Κοσμά του Αιτωλού στο Κολικόντασι. Την ίδια στιγμή όμως ήταν αυτός που κατάστρεψε μοναστήρια αλλά και σκότωσε και βασάνισε ιερείς και μοναχούς όταν διέβλεπε τάσεις εξέγερσης. Πάντως σε περιόδους ηρεμίας διατηρούσε καλές σχέσεις με τον κλήρο.
Σύμφωνα με μια καταγραφή του 1578 οι μοναχοί σε Γιάννινα και Θεσπρωτία έφταναν τους 600, αριθμός πολύ μεγάλος για τα δεδομένα της εποχής και της περιοχής.
Η μεγάλη άνθιση ήρθε με το Δεσποτάτο της Ηπείρου, περίοδο κατά την οποία κτίζονται δεκάδες ναοί και μοναστήρια
Ο Κοσμάς ο Αιτωλός
Εκτός από την ίδρυση των μονών, κατά την περίοδο της Τουρκοκρατίας επιχειρήθηκε βίαιος εξισλαμισμός των χριστιανικών πληθυσμών με αιχμή τους Τσάμηδες. Και το σχέδιο των Τούρκων θα είχε πετύχει εάν δεν υπήρχαν πολλοί μοναχοί οι οποίοι αντισταθήκαν πληρώνοντας με τη ζωή τους τον αγώνα υπέρ της Ορθοδοξίας. Ένας από αυτούς ο Κοσμάς ο Αιτωλός κατά κόσμον Κώστας Ανυφαντής ο Εσωχωρίτης ο οποίος γεννήθηκε το 1714 στο Μεγάλο Δέντρο Αιτωλοακαρνανίας από γονείς Ηπειρώτες. Ο πατέρας του Νικόλαος γεννήθηκε στο Γραμμένο Ιωαννίνων και η μητέρα του στο Βλαχώρι Παραμυθιάς.
Σπούδασε στη Σεγδίτσα Παρνασίδος και στη συνέχεια διορίστηκε δάσκαλος στο χωριό Λομποτίνα Ναυπάκτου. Όμως εγκατέλειψε το επάγγελμα του δασκάλου και πήγε στο Άγιο Όρος όπου φοίτησε στην Αθωνιάδα σχολή με δασκάλους προσωπικότητες όπως ο Ευγένιος Βούλγαρης. Το 1759 έγινε μοναχός με το όνομα Κοσμάς στη μονή Φιλοθέου και πήγε στην Κωνσταντινούπολη όπου σπούδασε στην πατριαρχική σχολή της τέχνη της ρητορίας δίπλα στον αδελφό του αρχιμανδρίτη Χρύσανθο. Το 1760 με την έγκριση του Πατριαρχείου επέστρεψε στην Ελλάδα και άρχισε να κηρύττει το Ευαγγέλιο.
Το 1761 πέρασε στη Θράκη, πήγε στο Άγιο Όρος και στη συνέχεια περιόδευσε στη Στερεά, την Θεσσαλία, την Αχαΐα, την Ήπειρο, τη Βόρειο Ήπειρο, τη Μακεδονία αλλά και σε νησιά σε Αιγαίο και Ιόνιο. Η περιοδεία του διήρκεσε περίπου 13 χρόνια.
Το Σάββατο 24 Αυγούστου του 1779 συνελήφθη στο χωριό Κολικόντασι της Β. Ηπείρου όπου απαγχονίστηκε. Αυτό που κάνει ξεχωριστό τον Αιτωλό είναι ότι επέμενε με πάθος να χτιστούν σχολεία και όχι εκκλησίες.
Όμως αξίζει να σημειωθεί ότι πρόδρομος του Κοσμά του Αιτωλού ήταν ο Νεκτάριος Τέρπος ο οποίος γεννήθηκε το 1685 στη Μοσχόπολη της Β. Ηπείρου, και σπούδασε θεολογία και φιλοσοφία στη Βενετία. Άρχισε το ιεραποστολικό του έργο από το Μπεράτι της Αλβανίας. Εκτός αυτών πολλοί ήταν οι Ηπειρώτες μοναχοί που επί τουρκοκρατίας προσέφεραν τα μέγιστα στην πατρίδα όπως: Διονύσιος Φιλόσοφος, Νεόφυτος Δούκας, Βησσαρίων ο Μακρής, ο Παίσιος ο μικρός, Μάξιμος ο Γραικός, και Γρηγόριος ο Παλιουρίτης.
Μετέχοντας στους εθνικούς αγώνες
Στην Ήπειρο δεν ήταν λίγοι οι μοναχοί οι οποίοι ηγήθηκαν πολλών απελευθερωτικών προσπαθειών με την πιο γνωστή αυτή του Διονυσίου του φιλοσόφου ή Σκυλοσόφου, ο οποίος στις 19 Σεπτεμβρίου του 1611 κήρυξε την επανάσταση κατά των Τούρκων. Βεβαίως δεν είχε τύχη και οι Τούρκοι αφού τον έγδαραν γέμισαν το δέρμα του με άχυρα και το έστειλαν στην Κωνσταντινούπολη.
Κατά την επανάσταση το 1821 στον Άγιο Γεώργιο στο Βουλγαρέλι έγιναν δύο συνελεύσεις οπλαρχηγών όπου συμμετείχαν ο Γεώργιος Καραϊσκάκης και ο Μάρκος Μπότσαρης. Στο ίδιο μοναστήρι τον Σεπτέμβριο του 1824 έγινε μάχη μεταξύ Ελλήνων και του Ομέρ Βρυώνη με νίκη των Ελλήνων. Την περίοδο του Αλή Πασά, λόγω συμμετοχής τους στην επανάσταση καταστράφηκαν δεκάδες μοναστήρια.
Mια δεύτερη προσπάθεια που εντάσσεται στις απελευθερωτικές κινήσεις της περιοχής έγινε του 1854 στην Παναγία τη Μποτιώτισσα στο χωριό Μπότσι, σημερινή Μεγαλόχαρη Τζουμέρκων, όπου οι οπλαρχηγοί του Ραδοβιζίου Δημήτριος Σκλατσογιάννης, Γεώργιος Τσιγαρίδας, Γεώργιος Κοσυβάκης και Γεώργιος Κατσικογιάννης ύψωσαν τη σημαία της επανάστασης. Το κίνημα απέτυχε με αποτέλεσμα να καταστραφούν τα μοναστήρια και τα χωριά της περιοχής.
Το 1912 τα μοναστήρια έπαιξαν πάλι σημαντικό ρόλο. Στη μονή Αγίας Παρασκευής στα Πράμαντα ο στρατηγός Πουτέτσης είχε εγκαταστήσει το στρατηγείο του. Η ίδια μονή κατά την εθνική αντίσταση λειτούργησε και ως νοσοκομείο των δυνάμεων του Ν. Ζέρβα.
Η Μονή του Αγίου Νικολάου Τζιόρας είχε μετατραπεί σε στρατηγείο -χειρουργείο το 1912 των εθελοντών του σώματος των Γαριβαλδινών μεταξύ των οποίων και ο ποιητής Λορέντζος Μαβίλης ο οποίος σκοτώθηκε στη μάχη του Δρίσκου στις 29 Νοεμβρίου του 1912.
Κατά την πολιορκία των Ιωαννίνων από τους Έλληνες οι Τούρκοι είχαν μετατρέψει της μονές Δουρούτη, Καστρίτσας και Προφήτη Ηλία στο νησί σε πυροβολεία και αποθήκες πολεμικού υλικού.
Κατά την διάρκεια της τουρκοκρατίας για την επαναστατική τους δράση βρήκαν φρικτό θάνατο ο Διονύσιος Φιλόσοφος, ο καλόγερος Σαμουήλ, οι ηγούμενοι της μονής Ηλιοβουνίου κοντά στον Λούρο Πρέβεζας Διονύσιος και Αγάπιος, ο ηγούμενος της μονής Βέλλιανης Παπαπέτσιος τον οποίο του Τούρκοι έκαψαν ζωντανό σε φούρνο στην Παραμυθιά. Επίσης έχασαν τη ζωή τους οι ηγούμενοι της μονής προφήτη Ηλία Ζίτσας Ζαχαρίας και της μονής Ζαλόγγου Ανανίας. Κατά την έξοδο του Μεσολογγίου σκοτώθηκαν οι μοναχοί της μονής Ζαλόγγου Ιωάννης και Δημήτριος.
Η πνευματική προσφορά
Μετά την κατάληψη της Πόλης από τους Φράγκους, στην πόλη των Ιωαννίνων έφτασαν οι οικογένειες των Φιλανθρωπηνών και του Στρατηγόπουλου οι οποίοι εγκαταστάθηκαν στο νησί, όπου έχτισαν και τις ομώνυμες μονές συμβάλλοντας στην ανάπτυξη της περιοχής.
Την περίοδο που αναπτύσσεται το δεσποτάτου της Ηπείρου η περιοχή ζει ημέρες δόξας όπου τα γράμματα κυριαρχούν με δεκάδες μορφές να αφήνουν πίσω τους σημαντικό έργο.
Η περίοδος όπου τα Γιάννινα εξελίσσονται ως ένας από τα σημαντικότερα κέντρα των Βαλκανίων είναι η αυτή του Αλή πασά. Ο Περαιβός για εκείνη την περίοδο γράφει: «Παρ΄ ουδενός άλλου πασά ετιμήθησαν οι Ελληνες εν υψηλοίς και απηγορευμένοις, κατά των Οθωμανικόν νόνον υπουργήμασι».
Ο Άγγλος περιηγητής Λικ αναφέρει χαρακτηριστικά: «ο βεζύρης αφήνει τους Έλληνες απόλυτα ελεύθερους σ΄ ότι αφορά την παιδεία και συχνά παρακινεί τους προεστούς να την ενισχύσουν». Τα Γιάννινα εκείνη την περίοδο έχουν σχολεία, βιβλιοθήκες έχουν μια πνευματική ακμή που τα καθιστά πόλη σύμβολο, όπως υποστηρίζει ο Πουκεβίλ: «Μέσα στη βαρβαρότητα που κατατρύχει την Ελλάδα η γιαννιώτικη σχολή, φημίζεται ως εστία γραμμάτων». Ο Άγγλος περιηγητής Henry Ηοland μας γνωρίζει πως τα βιβλία που τυπώνονταν σε Βενετία, Βιέννη, Λειψία, Μόσχα πρώτα μεταφέρονται στα Γιάννινα και μετά μοιράζονταν σε όλη την Ελλάδα. Γι’ αυτό και ο άγγλος περιηγητής Frederick Douglas απαντούσε για το πως θα γίνει η επανάσταση: «… με τα συγγράμματα των Γιαννιωτών, τα όπλα των Μανιατών και το εμπόριο της Ύδρας».
Μέσα σε αυτό το κλίμα όλα τα μοναστήρια της Ηπείρου είχαν σημαντική συμβολή στην ανέγερση σχολείων και ιδρυμάτων καταθέτοντας σημαντικά ποσά. Επίσης, στα περισσότερα σε αυτά υπηρέτησαν λόγιοι μοναχοί οι οποίοι συνέγραψαν δεκάδες βιβλία συμβάλλοντας στη διάδοση της ελληνικής παιδείας.
Ο ρόλος των μοναχών
Εκτός της παιδείας και της θρησκείας όμως με έκπληξη διαπιστώνουμε ότι τα μοναστήρια προσπαθήσανε να κρατήσουν ζωντανά τα δάση σε όλη την περιφέρεια επιδεικνύοντας μια σπάνια για την εποχή περιβαλλοντική συνείδηση. Δυστυχώς, όμως οι Τούρκοι σε συνεργασία με τους τοπικούς δημογέροντες κατάστρεψαν δάση και δρυμούς όπως έγινε με τους δημογέροντες του Λούρου που έδωσαν σε ιδιώτες τα δάση έναντι αμοιβής. Τα δάση της Κρανιάς, Κοτσανοπούλου και των γύρω χωριών καταστράφηκαν το 1897 από τον Σαντίμ πασά.
Ξεχωριστό ρόλο στην Ήπειρο έχουν και οι μοναχοί οι οποίοι δεν περιορίζονται μόνο στα θρησκευτικά τους καθήκοντα. Αντί να καταφεύγουν σε απομακρυσμένες περιοχές συνέβαλαν στη δημιουργία οικισμών γύρω από τα μοναστήρια, όπως για παράδειγμα το χωριό Παπαδάτες στην Πρέβεζα και αλλού.
Ο ρόλος τους δεν περιορίζεται στην απλή συνύπαρξη με τους λαϊκούς. Σε πολλές μονές στη Γιάννινα οι μοναχοί έχουν και ρόλο γιατρού.
