Σοβαρό πρόβλημα ανακύπτει με τη σύγκληση της Μεγάλης Συνόδου καθώς το Πατριαρχείο Αντιοχείας, εξαιτίας της πολύχρονης διαμάχης του με το Πατριαρχείο Ιεροσολύμων σχετικά με την δικαιοδοσία στο Κατάρ, δηλώνει με ανακοίνωση του της 1ης Ιουνίου ότι προβληματίζεται για την συμμετοχή του. Αν και δεν “κλείνει η πόρτα” οριστικά, το Πατριαρχείο Αντιοχείας δηλώνει ότι θα λάβει τις σχετικές αποφάσεις στις επόμενες μέρες, ενώ διαμαρτύρεται για την απόφαση του Φαναρίου να παραπέμψει το θέμα της διαμάχης για μετά τη Σύνοδο.
Το πλήρες κείμενο της ανακοίνωσης του Πατριαρχείου Αντιοχείας έχει ως εξής:
Ἐκ τῆς Ἀρχιγραμματείας τῆς Ἁγίας καὶ Ἱερᾶς Συνόδου τοῦ Πατριαρχείου Ἀντιοχείας καὶ Πάσης Ἀνατολῆς
Balamand, τῇ 1ῃ Ἰουνίου 2016
Τὸ Πατριαρχεῖο Ἀντιοχείας μετὰ θλίψεως καὶ ἐκπλήξεως, ἐπληροφορήθη περὶ τῆς ἀποφάσεως τῆς Ἁγίας καὶ Ἱερᾶς Συνόδου τοῦ Πατριαρχείου Κωνσταντινουπόλεως, μὲ ἡμερομηνία τὴν 31ην Μαΐου ἐ.ἔ, ἡ οποία προβλέπει «τὴν σύστασιν, ἀμέσως μετὰ τὴν Ἁγίαν καὶ Μεγάλην Σύνοδον, Ἐπιτροπῆς ἐξ ἀντιπροσώπων ἀμφοτέρων τῶν ἐνδιαφερομένων Ἐκκλησιῶν [τῆς Ἀντιοχείας καὶ τῶν Ἱεροσολύμων], ὑπὸ τὴν συντονιστικὴν εὐθύνην τοῦ Οἰκουμενικοῦ Πατριαρχείου, πρὸς μελέτην τοῦ ζητήματος καὶ ἐξεύρεσιν κοινῶς ἀποδεκτῆς λύσεως».
Ἡ Ἐκκλησία τῆς Ἀντιοχείας σημειώνει μὲ πόνον ὅτι ἡ ἀπόφαση αὐτὴ δηλώνει οὐσιαστικῶς τὴν παραίτηση ἀπὸ τὶς ἐντατικὲς προσπάθειες, ποὺ καταβάλλονται συνεχῶς καὶ γιὰ διάστημα πέραν τῶν τριῶν ἐτῶν, δηλαδή ἀπὸ τὴν ἡμερομηνία τῆς εἰσπηδήσεως ποὺ διέπραξε ἡ Ἐκκλησία τῶν Ἱεροσολύμων, προσβάλλουσα τοιουτοτρόπως τὴν ἐκκλησιαστικὴ δικαιοδοσία τῆς Ἐκκλησίας τῆς Ἀντιόχειας εἰς Κατάρ. Τὸ Πατριαρχεῖο Ἀντιοχείας ἀνέλαβε κατὰ τὸ ὡς ἄνω διάστημα πολυάριθμες εἰρηνικὲς καὶ συμφιλιωτικὲς πρωτοβουλίες, τὶς ὁποῖες πρότεινε μέσῳ τοῦ Οἰκουμενικοῦ Πατριαρχείου, ὥστε νὰ βρεθεῖ ὁριστικὴ λύση γιὰ τὴν παραβίαση. Αὐτό ποὺ προξενεῖ περισσότερο πόνο εἶναι ὅτι οἱ προσπάθειες αὐτές, οἱ ὁποῖες ἔγιναν ὅλο καὶ πιὸ ἐντατικὲς παράλληλα μὲ τὶς προετοιμασίες γιὰ τὴν Ἁγία καὶ Μεγάλη Σύνοδο τῆς Ὀρθοδόξου Ἐκκλησίας, ἀποσκοποῦσαν στὴν ἐξεύρεση ἐκκλησιαστικῆς καὶ ὁριστικῆς λύσεως τῆς εἰσπηδήσεως πρὶν ἀπὸ τὴν ἔναρξη τῆς Μεγάλης Συνόδου, οὕτως ὥστε ἡ Σύνοδος νὰ φανερώσει τὴν ἑνότητα τῆς Ὀρθοδοξίας, ἡ ὁποία θὰ ἀποκρυσταλλωνόταν μὲ τὸ ἐναρκτήριο Συλλείτουργο κατὰ τὴν ἡμέρα τῆς Πεντηκοστῆς. Ἡ ἔναρξη τῶν ἐργασιῶν τῆς Συνόδου στὴν ὄντως μεγάλη αὐτὴ ἑορτή, μὲ τὴ συμμετοχὴ ὅλων τῶν κατὰ τόπους Αὐτοκεφάλων Ἐκκλησιῶν, ἀποτελεῖ τὴν εὐθύτατη καὶ ὀρθὴ ὁδὸ πρὸς τὴν ἐξέταση ὅλων τῶν ζητημάτων ποὺ ἀπασχολοῦν τὴν Ὀρθόδοξον Καθολικὴν Ἐκκλησίαν καὶ τὴν ἔκφραση τῆς ὁμοφωνίας ἐπ’ αὐτῶν.
Ἡ νέα ὅμως κατάσταση, ποὺ δημιουργεῖται ἐκ τῆς ἀναβολῆς τῆς ἐπιλύσεως τῆς ἐν λόγῳ παραβάσεως μετὰ τὴν Ἁγία καὶ Μεγάλη Σύνοδο, ἀφαιρεῖ ἀπὸ τὴν ἐπικείμενη Σύνοδο τὸν ἐπιθυμητὸ σκοπὸ τῆς συγκλήσεως αὐτῆς, ἤτοι «τὴν ἔκφραση τῆς ἐνότητας τῆς Ὀρθοδοξίας». Διὰ τοῦτο ἡ μὴ ἀνταπόκριση τοῦ Πατριαρχείου Ἱεροσολύμων στὶς εἰρηνικὲς προτάσεις τοῦ Πατριαρχείου Ἀντιόχειας ἀπειλεῖ τὴ σύγκληση τῆς Ἁγίας καὶ Μεγάλης Συνόδου κατὰ τὴν ὁρισθεῖσα ἡμερομηνία, κίνδυνος περὶ τοῦ ὁποίου ἔχει ἀπό καιροῦ ἐπισημάνει ἡ Ἐκκλησία τῆς Ἀντιοχείας.
Σήμερα καλοῦμε ὅλες τὶς Αὐτοκεφάλες Ὀρθόδοξες Ἐκκλησίες νὰ ἐργαστοῦν ἐντατικῶς ὥστε νὰ περιφρουρηθεῖ ἡ ἑνότητα τῶν Ὀρθοδόξων Ἐκκλησιῶν ἔναντι τῶν κινδύνων ποὺ τὴν ἀπειλοῦν. Ἡ καθ’ Ἡμᾶς Ἱερὰ Σύνοδος ἐντὸς τοῦ πλαισίου τῶν ἀνοικτῶν αὐτῆς συνεδριάσεων θὰ ἐργασθεῖ ἐντὸς τῶν ἑπομένων ἡμερῶν, ἐξετάζοντας τὶς τελευταῖες ἐξελίξεις σχετικὰ μὲ τὴν Ἁγία καὶ Μεγάλη Σύνοδο καὶ θὰ λάβει τὶς δέουσες ἀποφάσεις. Προσευχόμαστε ἀπὸ κοινοῦ καὶ εὐελπιστοῦμε, μαζὶ μὲ ὅλους, ὅτι τὸ Πανάγιο Πνεῦμα, τὸ ὁποῖο ἐτοιμαζόμαστε νὰ δεχθοῦμε κατὰ τὴν Πεντηκοστή, θὰ ἐμπνεύσει τὴν Ἐκκλησία καὶ τοὺς Ποιμένες Αὐτῆς καὶ θὰ τοὺς καθοδηγήσει στὴν ἀληθινὴ ὁδό, ὥστε νὰ μαρτυρήσει σήμερα, περισσότερο ἀπὸ κάθε ἄλλη φορά, περὶ τῆς ἑνότητος στὴν ὁποία ὁ Κύριος μᾶς κάλεσε.