Θεωρείται ένα από τα πιο σπουδαία και καλοδιατηρημένα παλαιοχριστιανικά μνημεία που συναντά κανείς στην ελληνική επικράτεια, το οποίο κατατάσσεται και στα μεγαλύτερα σε μέγεθος και βρίσκεται στην Παροικιά της Πάρου.
Την εποχή του Ιουστινιανού, τον 6ο αιώνα, ο ναός ανακαινίστηκε,ενώ έγιναν πολλές τροποποιήσεις στα παλαιοχριστιανικά τμήματα και ανακατασκευές της σκεπής, στην οποία προστέθηκε τρούλος με ημιθόλια. Την όλη ευθύνη για την ανακαίνιση και τις μετατροπές είχε αναλάβει μαθητής του αρχιτέκτονα της Αγίας Σοφίας με απόλυτη επιτυχία.
Αυτά θέλει η παράδοση, ωστόσο ο ακριβής χρόνος ανέγερσης αμφισβητείται από τους βυζαντινολόγους ερευνητές, όπως και πολλές από τις παραδόσεις που έχουν σχέση με την όλη αρχιτεκτονική δομή του συγκροτήματος. Την αμφισβήτηση των ειδικών έρχεται να στηρίξει και το γεγονός ότι δεν υπάρχουν γραπτά στοιχεία για την ανέγερση και την ανακαίνιση, αν και έχουμε να κάνουμε με δύο σημαντικούς αυτοκράτορες (Μέγα Κωνσταντίνο και Ιουστινιανό και την Αγία Ελένη).
Ιστορικά έχουν καταγραφεί τρείς θέσεις: Σύμφωνα με την πρώτη, το μεγαλοπρεπές συγκρότημα χτίστηκε πριν την εποχή του Ιουστινιανού, η δεύτερη επί της εποχής του και η τρίτη που ακολουθεί τις παραδόσεις περί τάματος της Αγίας Ελένης.
Οπου και να βρίσκει κάποιος τη δική του αλήθεια, το βέβαιο είναι ότι οι μετατροπές και οι προσθήκες που έγιναν μέχρι σήμερα, δημιούργησαν τελικά ένα μεικτό αρχιτεκτονικό σύμπλεγμα, με έντονα τα παλαιοχρισταινικά, τα βυζαντινά αλλά και τα μεταβυζαντινά στοιχεία. Σε αυτά θα πρέπει να προστεθεί και το γεγονός ότι στο κτιριακό συγκρότημα έχουν χρησιμοποιηθεί και μαρμάρινα τμήματα από αρχαίους ναούς. Οι ονομασίες του ναού επίσης ενέχουν στοιχεία θρύλων και παραδόσεων. Το όνομα «Εκατοντοπυλιανή» και «Καταπολιανή» φαίνεται να χρησιμοποιούνται κατά τον 16ο αιώνα.Για την Εκκλησία, η επίσημη ονομασία είναι «Εκατονταπυλιανή», γιατί σύμφωνα με την παράδοση, ο ναός έχει 99 φανερές πύλες και μια κρυφή, η οποία θα φανερωθεί «με το άνοιγμα της αντίστοιχης μυστικής πύλης που βρίσκεται στην Αγιά Σοφιά».
Ετυμολογικά το όνομα «Εκατονταπυλιανή» σημαίνει χώρος που έχει εκατό πύλες, ονομασία που συναντάται και στην αρχαιότητα.
Το συγκρότημα, το οποίο επισκέπτονται δεκάδες χιλιάδες επισκέπτες, περιλαμβάνει:
-Τον ναό της Παναγίας με τα εσωτερικά παρεκκλήσια των Αγίων Αναργύρων,
του Αγίου Φιλίππου και της Οσίας Θεοκτίστης, που έζησεεκεί κατά τον 9ο αιώνα,
– τη Βασιλική του Αγίου Νικολάου,
-τον ναό της Αγίας Θεοδοσίας,
– το παρεκκλήσιο του Αγίου Δημητρίου,
-το Βαπτιστήριο, που αποτελεί ιδιαίτερο χώρο, καθώς και τα γύρω κελιά, τα οποία ως οχυρωματικό έργο προστάτευαν το όλο συγκρότημα.
Περνώντας τη βαριά σιδερένια πόρτα του συγκροτήματος, ο προσκυνητής βρίσκεται στο αίθριο, όπου κυριαρχεί η πρόσοψη του ναού με τη μεγάλη διώροφη τρίλοβη πύλη και το αέτωμα πάνω από αυτή. Στον χώρο αυτόν βρίσκονται κολώνες και διάφορα μάρμαρα της βάσης της «φιάλης των καθαρμών» που υπήρχε εκεί και στην οποία οι πιστοί έπλεναν τα χέρια τους πριν μπουν στον ναό.
Στο εσωτερικό του ναού και στο εικονοστάσι ανάμεσα στον κυρίως ναό και το ιερό βήμα, υπάρχει η εικόνα της Παναγίας της Εκατονταπυλιανής, που θεωρείται έργο του 17ου αιώνα.
Στη νότια πλευρά του συγκροτήματος, εκτός του ναού βρίσκεται το βαπτιστήριο, η κατασκευή του οποίου ανάγεται στον 4ο αιώνα και θεωρείται σήμερα ένα από τα καλύτερα διατηρημένα βαπτιστήρια της Ορθόδοξης Ανατολής. Πρόκειται για ένα ναό (τρίκλιτη βασιλική με τρούλο) στο ιερό βήμα του οποίου υπάρχει μαρμάρινη κολυμβήθρα.
Ο ναός της «Εκατονταπυλιανής» αποτελεί ένα από τα σημαντικότερα προσκυνήματα της χώρας. Η δε εικόνα είναι η δεύτερη σε αίγλη μετά από την Παναγία της Τήνου.
Eορτάζει στις 15 Αυγούστου, ημέρα κατά την οποία «όλο το νησί πανηγυρίζει».
