Το θαύμα στο οποίο αναφερθήκαμε στο τέλος του προηγούμενου άρθρου μας, αναφέρεται ότι έγινε το 1862, και η περιγραφή είναι απολύτως ενδεικτική: «Κατά το 1862 έτος, ημέρα Σαββάτω, πρωίας έτι ούσης, και της αναιμάκτου θυσίας εκτελουμένης εν τω άνω ειρημένω Ιερώ Ναώ του εν αγίοις Πατρός ημών Βασιλείου, ευλαβής τις γυνή, διηγείτο ταις παρεστώσιν εν τω Ναώ γυναιξίν, ότι, χθες κατ’ όναρ, είδον τον Άγιον Ιωάννην, εξελθόντα εκ της λάρνακος αυτού δρομαίον, και κρατούντα αμφοτέραις ταις χερσίν, την στέγην της Ελληνικής Σχολής, ήτις έμελλε να καταρρεύση. Ενώ δε ταύτα έλεγεν αύτη, αίφνης κρότος και θόρυβος ηκούσθη πολύς, και οι εκκλησιαζόμενοι πάντες παραυτίκα εξήλθον του Ναού, και είδον πράγματι, ότι ολόκληρος η στέγη της Σχολής κατέπεσε και επλάκωσε τους συνελθόντας τέως μαθητάς. Δραμόντες δε πάντες μετά θρήνων, και κλαυθμών, και ανεγείραντες ευθέως την καταπεσούσαν βαρείαν στέγην, εκβάλλουσι τους υπ’ αυτήν ταφέντας και καταπλακωθέντας υπέρ τους είκοσι μαθητάς, ζώντας, του θαύματος! και όλως υγιείς».
Έχουμε εδώ την αντίληψη για σωματική παρουσία του αγίου στο λείψανό του και στο ναό του, με βάση τον οποίο δρα, αντίληψη γνωστή ήδη από τα βυζαντινά και μεταβυζαντινά χρόνια. Άλλωστε πλήθος μαρτυριών και διηγήσεων αναφέρονται στο ότι το λείψανο του αγίου Ιωάννη του Ρώσου ουσιαστικά αντιδρά ή αλλάζει υπερφυώς θέση, δείχνοντας ότι αποτελεί ουσιαστικό κατοικητήριο του αγίου, και αφετηρία εκδήλωσης της χάρης και της θαυματουργικής του δύναμης. Πρόκειται για αντίληψη γνωστή στη λαϊκή λατρευτική παράδοση, η οποία συνδέεται με την λατρευτική παράδοση πολλών λειψάνων αγίων, ιδίως των ολόσωμων και άφθαρτων.
Μια δεύτερη κατηγορία ανάλογων διηγήσεων αναφέρεται στην σωματική και αισθητή από τον ασθενή παρουσία του αγίου σε κάποια δύσκολη στιγμή, ιδίως σε μια κρίσιμη ιατρική περίσταση ή σε μια δύσκολη χειρουργική επέμβαση, οπότε ο άγιος καθοδήγησε τους γιατρούς για να ξεφύγει ο ασθενής τον κίνδυνο. Πρόκειται επίσης για κοινό αγιολογικό τόπο ανάλογων συναξαριακών διηγήσεων, κυρίως αναφερόμενων σε αγίους ιατρούς και θεραπευτές, παλαιότερους και νεότερους. Να αναφερθεί μάλιστα ότι και ο νεοφανείς όσιος Ιάκωβος Τσαλίκης αφηγούνταν ότι είχε βιώσει ανάλογη εμπειρία, σε δική του κρίσιμη θεραπεία, και ότι τελικά σώθηκε από θαυματουργή επέμβαση του ίδιου και του οσίου Δαβίδ.
Σε άλλη περίπτωση, όταν ο άρρωστος είναι μακριά και δεν μπορεί να μεταφερθεί για να προσκυνήσει στο θαυματουργό και ιαματικό λείψανο, αρκεί μία εικόνα του, με την οποία «σταυρώνουν» τον ασθενή, για να υποχωρήσουν τα συμπτώματα της ασθένειας και να ιαθεί. Την εικόνα επίσης ακουμπούν συνήθως στο μέτωπο του ασθενούς, ενώ η επενέργεια της θείας χάρης εκδηλώνεται κάποτε με σπασμούς από τον ιώμενο ασθενή. Οι διηγήσεις αυτές συνδέονται με την μεταφορά της λατρευτικής τιμής του αγίου και σε άλλες περιοχές, κυρίως στη Ρωσία, όπου έχει γίνει δεκτός και λόγω της ρωσικής καταγωγής του, και είναι επίσης κοινές σε ανάλογες συναξαριακές και λαϊκές θρησκευτικές παραδόσεις, οι οποίες σχετίζονται με την εκδήλωση της ιαματικής δύναμης του λειψάνου σε τόπο πέρα από το ναό ή την περιοχή όπου θησαυρίζεται.
Σε μία περίπτωση οι γονείς του ασθενούς παιδιού το μεταφέρουν στο ναό του αγίου, εκεί γίνεται παράκληση, και μάλιστα προσφέρουν στον άγιο ως τάμα ένα αρνί, το οποίο έδεσαν κοντά στη λάρνακα του λειψάνου. Το βράδυ έμειναν έξω από τις κλειστές πύλες του ναού, και ο πατέρας συναισθάνθηκε την θαυματουργική επέμβαση του αγίου στο παράλυτο παιδί του, το οποίο πράγματι περπάτησε. Οι διήγηση αυτή σχετίζεται με την θαυματουργική ίαση μέσω της τελετουργικής πρακτικής της εγκοιμήσεως, και απηχεί και πάλι την αντίληψη ότι ο άγιος δρα θαυματουργικά, ουσιαστικά σωματοποιείται, μέσω του ναού του και του λειψάνου του που βρίσκεται μέσα σε αυτόν.
Άλλη ομάδα διηγήσεων αναφέρεται σε ιαματικά θαύματα του αγίου, ιδίως για κινητικά προβλήματα, που πιστοποιούνται επειδή οι ιαθέντες άφησαν στη λάρνακά του ως απόδειξη της θαυματουργία το μπαστούνι τους. Αναφέρεται μάλιστα συγκεκριμένη περίπτωση, της Κύπριας Μαρίας Σιάκα από το Φρέναρο της Αμμοχώστου, η οποία ενώ ήταν συγκύπτουσα ανορθώθηκε θαυματουργικά και άφησε το μπαστούνι της στο ναό. Υπενθυμίζεται ότι ανάλογες πρακτικές υπάρχουν και σε άλλα θαυματουργά και ιαματικά προσκυνήματα, όπου συχνά επιδεικνύονται σωροί με μπαστούνια ή πατερίτσες, που ανήκαν σε ασθενείς που θεραπεύθηκαν εκεί, δεν τα χρειάζονταν πια, και τα άφησαν ως πιστοποίηση του θαύματος που βίωσαν.
