Σε ολόκληρη την διάρκεια της Επαναστάσεως του 1821 το βλέμμα όλων των εμπλεκομένων στη διοίκηση του υπό ίδρυση κράτους, πολιτικών ταγών και εκκλησιαστικών ανδρών ήταν διαρκώς στραμμένο στα φλέγοντα εκκλησιαστικά προβλήματα, τα οποία συνεχώς περιπλέκονταν δραματικά και διαρκώς αυξάνονταν σπέρνοντας σε όλους την αυτονόητη δυσαρέσκεια. Οι λόγοι ήταν αρκετοί αφού, εκτός από την πνευματική και διοικητική αποκοπή των επαναστατημένων περιοχών από το Πατριαρχείο, οι παρεμβάσεις των ισχυρών οικογενειών της Πελοποννήσου στα διοικητικά της θέματα, οι συνεχόμενες αντικανονικές ενέργειες ιεραρχών κ. α. μεγάλωναν το χάος που επικρατούσε. Σε αυτή την συζήτηση που η διαπλοκή εναλλασσόταν ταυτόχρονα με τη διαπάλη των εμπλεκομένων, με στόχο ποια από τις γνώμες θα υπερτερούσε στο «διάλογο» που είχε ανοίξει για την οριστική θέση της Ορθόδοξης Εκκλησίας στην Ελλάδα, μεγάλη επιρροή για τον ρόλο του εκκλησιαστικού οργανισμού στην επόμενη μέρα του αναγνωρισμένου Νεοελληνικού κράτους, έπαιξαν δύο μεγάλες αδιαμφισβήτητα προσωπικότητες με τελείως διαφορετικό ιδεολογικό προσανατολισμό.
Ο πρώτος ήταν ο πατέρας του ελληνικού Διαφωτισμού Αδαμάντιος Κοραής (1748 – 1833) που ζούσε στη Γαλλία, την περίοδο των μεγάλων πνευματικών ζυμώσεων, που τον επηρέασαν καθοριστικά για ολόκληρη τη διάρκεια του βίου του. Ο δεύτερος ήταν ο πρώτος Κυβερνήτης της Ελλάδος κόμης Ιωάννης Καποδίστριας (1776 – 1831) γεννημένος στην Κέρκυρα, καταγόταν από μία βαθιά θρησκευόμενη οικογένεια, υπήρξε γνήσιο τέκνο της Ορθοδόξου Εκκλησίας. Με τις σπουδές του στην Ιατρική Σχολή του Πανεπιστήμιου της Πάντοβα στην Ιταλία (1794 – 1797) ήρθε σε επαφή με όλες τις ιδεολογικές τάσεις και πνευματικές ζυμώσεις της περιόδου που ευδοκιμούσαν στην γηραιά ήπειρο, που όμως δεν κλόνισαν την βαθιά πίστη του στη θρησκεία του, όπως άλλων σύγχρονων με αυτών λόγιων ανδρών, ακόμα και αρκετών κληρικών που βρέθηκαν τότε στην εσπερία για σπουδές.
Οι απόψεις αυτές του Ιωάννη Καποδίστρια του σταθερού οπαδού της πεφωτισμένης δεσποτείας αλλά και ο τίτλος ευγενείας του, ήταν από τους βασικότερους λόγους που τον έφεραν απέναντι στο Διαφωτιστή Αδαμάντιο Κοραή, που τον πολέμησε λυσσαλέα κυρίως μέσα από τα γραφόμενά του. Η φοβία του Κοραή απέναντι στην επιλογή ενός γόνου βασιλικού οίκου της Ευρώπης για νέου ηγέτη του Νεοελληνικού κράτους στο ξεκίνημά του ή κάποιου άλλου που είχε τίτλο ευγενείας, όπως π. χ. των πριγκήπων από τις Παραδουνάβιες ηγεμονίες, υπήρξε για εκείνον το κόκκινο πανί. Οι φοβίες του αυτές και οι απόψεις του ως Διαφωτιστή, κατέληξαν τον τρομοκρατούν για την επιλογή που οι ξένες Δυνάμεις ετοίμαζαν για την ανεξάρτητη Ελλάδα, με συνέπεια την αντιδημοκρατική διακυβέρνηση του νέου κράτους.
Οι δύο άνδρες είχαν στο παρελθόν συναντηθεί στο Παρίσι, χωρίς τελικά να υπάρξει ουσιαστικά ένα κλίμα αμοιβαίας αλληλοκατανόησης. Βέβαια, δεν ήταν ο μόνος Διαφωτιστής που βρέθηκε απέναντί στον Κυβερνήτη. Αξιοσημείωτη είναι η αρνητική αντιμετώπιση του, από δύο Διαφωτιστές κληρικούς τους Θεόφιλο Καΐρη και Θεόκλητο Φαρμακίδη που στο εγγύς μέλλον θα απασχολούσαν την κοινή γνώμη με τις επιλογές τους και θα έπλεκαν την Εκκλησία μέσα σε ένα κυκεώνα, με μακροχρόνιες επιπτώσεις. Οι συνέπειες των επιλογών και της δράσης των δύο Ελλήνων Διαφωτιστών κληρικών, θα στιγμάτιζαν την πορεία της Εκκλησίας ολόκληρο τον 19ο και τον 20ό αιώνα. Ο πρώτος αρχικά τα «έψαλε» μέσα από την επίσημη ομιλία του την ημέρα της άφιξης του Ι. Καποδίστρια στην Ελλάδα, ενώ λίγο αργότερα θα ανακοίνωνε μια νέα θρησκεία, και ο δεύτερος που δεν αξιοποιήθηκε άμεσα από τον Κυβερνήτη, συγκρούσθηκε μαζί του. Σε ένα σε γράμμα του ο Κοραής (δύο άνδρες δεν έπαψαν ποτέ να αλληλογραφούν μεταξύ τους) επαινούσε τον Καποδίστρια που ως πρώτος Κυβερνήτης της Ελληνικής Πολιτείας δεν χρησιμοποιούσε τον τίτλο του κόμη. Βέβαια, ο αρχικός του ενθουσιασμός περί ανδρός «πολλής φρονήσεως και μεγάλης αρετής» δεν συνεχίσθηκε. Ο Κυβερνήτης κατηγορήθηκε και από άλλους ότι εισήγαγε όλες τις απολυταρχικές συνήθειες, τις οποίες είχε υιοθετήσει από την θητεία του στο θώκο, του δεύτερου υπουργού των εξωτερικών της τσαρικής Ρωσίας.
Ο Αδαμάντιος Κοραής πίστευε ακράδαντα ότι η Εκκλησία στην Ελλάδα, θα έπρεπε να είναι Αυτοκέφαλη για να είναι ελεύθερη παντελώς από το Πατριαρχείο. Για να προετοιμάσει τους Έλληνες για μια ανάλογη εξέλιξη, συνέγραψε έργα που επιτίθονταν στην εκκλησιαστική πολιτική που ακολουθούσε ο Καποδίστριας. Το 1830 δημοσίευσε το έργο του υπό τον τίτλο «Τι συμφέρει εις την ελευθερωμένην από τους Τούρκους Ελλάδα να πράξει εις τας παρούσας περιστάσεις, δια να μην δουλωθή εις χριστιανούς Τουρκίζοντας. Διάλογος δύο Γραικών» το οποίο τυπώθηκε στο Παρίσι το 1830, κατηγορώντας τον Κυβερνήτη για τον τρόπο της απολυταρχικής διακυβέρνησής του. Την επόμενη χρονιά με το νέο του έργο θα απαιτήσει την απομάκρυνση της Εκκλησίας στην Ελλάδα, από την διοικητική εξάρτηση της από το Φανάρι. Ο Κυβερνήτης θα επιδιώξει την λύση του προβλήματος, μετά την επίσημη αναγνώριση της ελεύθερης Ελλάδας από τις μεγάλες Δυνάμεις για να μην φέρει σε τρομερά δύσκολη θέση τον Οικουμενικό θρόνο. Η ανεξαρτησία της Ελλάδος και αργότερα η αναγνώριση της από την Οθωμανική Αυτοκρατορία, θα ομαλοποιούσε αισθητά την επικοινωνία των δύο πλευρών. Η δολοφονία του Κυβερνήτη διέκοψε αυτή την προσπάθεια.
Ένα από τα κοινά σημεία μεταξύ των δύο επιφανών ανδρών, υπήρξε η αγάπη τους για τα γράμματα και η διάθεσή τους να μορφωθεί ο λαός και να αποκτήσει την απαιτούμενη παιδεία. Ο Κοραής σε επιστολές του προς τον Καποδίστρια τα έτη 1827 – 1828 του ζητούσε να αποκτήσει ένα μεγάλο αριθμό βιβλίων για το σκοπό αυτό. Βέβαια, ο ίδιος παρακινούσε όλους τους συνομιλητές του να ενστερνιστούν τις βασικές αρχές για τα θέματα της παιδείας που ίσχυαν τότε στο εξωτερικό.
Ο Κυβερνήτης φρόντισε να συνυπάρξουν στο υπό σύσταση κράτος, σε ένα υπουργείο τα ζητήματα των εκκλησιαστικών μαζί με εκείνα της παιδείας. Η παροχή Ορθόδοξης αγωγής στους νέους, μαζί με την απόκτηση εθνικής συνείδησης ήταν ένα από τα βασικά στοιχεία που έπρεπε να αξιοποιηθούν. Ήδη, άρχισε να γίνεται αυτό σε άλλα κράτη της Ευρώπης, ώστε, να αποκτήσουν οι νέοι μαθητές εθνική συνείδηση για να γίνουν υποδειγματικοί και υπάκουοι πολίτες. Μέσα σε αυτό το κλίμα που επικρατούσε στη Δύση, ο Κυβερνήτης υπέκυψε στον πειρασμό να ελέγχει η Πολιτεία τον εκκλησιαστικό οργανισμό και στην Ελλάδα. Όμως, οι διάδοχοί του Βαυαροί δεν θα είχαν τις ίδιες απόψεις με εκείνον, για την ομαλή αν και ελεγχόμενη πορεία της Εκκλησίας στην Ελλάδα. Στο παρελθόν ο Κοραής έπασχε από παρόμοιες φοβίες, μήπως η Εκκλησία αποκτούσε πολιτική εξουσία όπως οι παπικοί στη Δύση. Έτσι, η ετερόδοξη Αντιβασιλεία, κινήθηκε μέσα σε αυτό το πολιτικό πλαίσιο, συνεχίζοντας την τελειοποίηση ενός πολιτειοκρατικού συστήματος, αδιαφορώντας για τον πραγματικό ρόλο, το θεολογικό λόγο και την διακονία της Εκκλησίας στο νέο βασίλειο.
Οι ιδέες του Αδαμάντιου Κοραή για την Εκκλησία ήταν επηρεασμένες από τις αρχές του ευρωπαϊκού Διαφωτισμού και των πολιτικών ανακατατάξεων στην Ευρώπη. Οι Ευρωπαίοι Διαφωτιστές διακατέχονταν από ένα αντικληρικαλιστικό πνεύμα. Ο ρωμαιοκαθολικισμός εναντιώθηκε από την αρχή με σφοδρότητα στις νέες ιδέες και πρακτικές αφού, ο Πάπας της Ρώμης εκτός από κεφαλή της ρωμαιοκαθολικής Εκκλησίας ήταν επίσης αρχηγός κράτους. Οι επιδιώξεις των Διαφωτιστών είχαν άμεση αρνητική επίδραση στο κύρος γενικά της Εκκλησίας στη Δύση. Ένας ακόμα παράγοντας για τον τρόπο διαχείρισης των εκκλησιαστικών ζητημάτων στη χώρα, ήταν η αντιγραφή των προτεσταντικών προτύπων που ίσχυαν στην Ευρώπη εκείνη την εποχή.
Μέσα σε αυτό το κλίμα ο Κοραής, αρχίζει να δημοσιοποιεί τις απόψεις του για τα εκκλησιαστικά πράγματα και τον τρόπο διευθέτησής του για την επόμενη μέρα στο ελεύθερο κρατίδιο. Η θέση της Ορθόδοξης Εκκλησίας δεν θα ήταν πλέον όπως την γνώριζαν οι χριστιανοί στο παρελθόν. Στα χρόνια της Οθωμανικής κυριαρχίας κάθε ζήτημα που αφορούσε την καθημερινότητα των χριστιανών επιλύονταν από τον Πατριάρχη Κωνσταντινουπόλεως και τους μητροπολίτες της κάθε περιοχής. Η αγωνία κάποιων κύκλων να μην επαναληφθεί μια τέτοια ανάλογη πρακτική στο νέο κράτος, έπρεπε η Ορθόδοξη Εκκλησία να απομονωθεί από όλους τους υπόλοιπους Ορθόδοξους λαούς μέσα στη Βαλκανική Χερσόνησο, και να ταυτιστεί άμεσα με τη νοοτροπία και πρακτική πολιτική πράξη των κρατών της σύγχρονης Ευρώπης. Η Ελλάδα θα ήταν τελικά το σύνορο της Ευρώπης.
Η προσπάθειά του Κοραή να συνδέσει τους Νεοέλληνες με την αρχαιότητα, αφήνοντας στο περιθώριο το Βυζάντιο, μετατοπίζοντας το κέντρο βάρους μονάχα στην μεσαιωνική Δύση, που την ταύτιζε ως γνήσιο φορέα της πνευματικής κληρονομιάς ολόκληρου του αρχαίου ελληνικού πολιτισμού, αδιαφορώντας για την μετάλλαξή της, αποξένωσε ουσιαστικά τον Ελληνισμό από την Ορθόδοξη Εκκλησία. Ο ίδιος ως γνήσιος οπαδός του Διαφωτισμού, δεν μπορούσε να κατανοήσει με κανένα τρόπο την συνύπαρξη της Εκκλησίας με το κράτος. Ούτε φυσικά την ανάμειξη ή την ανάληψη δημόσιων αξιωμάτων από κληρικούς, στους οποίους έγραφε ότι η ανάληψη τέτοιων κοσμικών αξιωμάτων ήταν μια παγίδα του διαβόλου.
Όμως, παρόλα αυτά ο Κοραής αναγνώριζε την περίοπτη θέση του κλήρου μέσα στον κόσμο, τόνιζε ότι έπρεπε ο κλήρος να είναι οπωσδήποτε μορφωμένος, ζητούσε να μην υπάρχουν όπως συνηθιζόταν περισσότερες Εκκλησίες από ότι χρειαζόταν σε κάθε περιοχή, ζητούσε να μην υπάρχουν περισσότεροι χειροτονημένοι κληρικοί από όσους κάθε ναός είχε ανάγκη, ήθελε όλοι οι κληρικοί να αμείβονται κανονικά για τις υπηρεσίες που προσέφεραν, και προέτρεπε τους ιερωμένους όλων των βαθμών να είναι κυρίως όλοι αφιλοχρήματοι. Βέβαια, εκείνη την περίοδο εκτός από τον μεγάλο αριθμό κληρικών που δεν δικαιολογούταν από τον πληθυσμό κάθε τόπου, υπήρχαν πολλοί μοναχοί που διέμεναν μέσα στις πόλεις χωρίς κανένα λόγο. Ο μεγάλος αριθμός κληρικών αναγκαστικά τους μετέτρεπε για να καταφέρουν να επιβιώσουν, από σεβαστούς διακόνους του Θεού «αληθείς διακοναρίους και ψωμοζήτας εις την υπόληψιν των πολλών, αληθείς εμπέκτας και διώκτας της θρησκείας».
Μια άλλη σημαντική και πάρα πολύ σωστή άποψη του Αδαμάντιου Κοραή αφορούσε το ζήτημα των σιμωνιακών χειροτονιών, που είχε τις ρίζες του στα χρόνια της Οθωμανικής κυριαρχίας και που δυστυχώς συνεχίστηκε στην ελεύθερη πλέον Ελλάδα «Ουτ’ ο Αρχιερεύς ουτ’ οι ιερείς σας δεν χρεωστούν εις κανένα τίποτε εις όνομα δώρου ή πληρωμής δια την χειροτονίαν…». Ο ίδιος ζητούσε οι ιερωμένοι να μη λαμβάνουν χρήματα για τις ιεροπραξίες, «αλλά να τους πληρώνετε από το κοινόν».
Η προφητική αυτή ρήση του Κοραή, που αφορούσε τη μεγάλη μάστιγα της σιμωνίας που εφαρμόσθηκε κατά τη διάρκεια της Οθωμανικής κυριαρχίας και επικρατούσε στη νεότερη Ελλάδα, θα γίνει η αφορμή για να ξεσπάσει το μεγαλύτερο πολιτικό, οικονομικό και εκκλησιαστικό σκάνδαλο του 19ου αιώνα, το οποίο ταρακούνησε συθέμελα την ελληνική κοινή γνώμη. Η δημοσιοποίησή του απογείωσε τον ευσεβισμό στα μάτια του Ορθόδοξου πληρώματος και τον θεμελιωτή του το γνωστό από τις τελευταίες δεκαετίες του 19ου αιώνα λαϊκό ιεροκήρυκα Απόστολο Μακράκη (1831-1905) ανοίγοντας νέες πληγές στο εκκλησιαστικό σώμα, εκτοξεύοντας την δημοτικότητα του πιετισμού που οδήγησε τους πιστούς τον 20ό αιώνα να αποδεχθούν ως τρόπο ζωής όχι το Ορθόδοξο ήθος της Εκκλησίας των Πατέρων, αλλά μια εισαγόμενη προτεσταντική ηθική.
Επιπλέον, έδειξε το στυγνό πρόσωπο της η πολιτειοκρατία, αξιοποιήθηκε το σκάνδαλο από τις τότε πολιτικές δυνάμεις του τόπου ώστε, στρεφόμενη η ελληνική κοινωνία σε αυτό που οδήγησε στην καταδίκη των δύο υπουργών και των αρχιερέων που ενεπλάκησαν σε αυτό, για να ανοίξει η βαλβίδα και να φύγει ο ατμός, ώστε, να αποσυμπιεστεί η λαϊκή δυσαρέσκεια την οποία διαδέχθηκε η πλήρης αδιαφορία του κόσμου για το άλλο μεγάλο σκάνδαλο που ξέσπασε στη όγδοη και τελευταία κυβέρνηση του Δημητρίου Βούλγαρη και αφορούσε την ψήφιση του προϋπολογισμού του κράτους, χωρίς την απαιτούμενη από τη Βουλή πλειοψηφία και έμεινε στην ιστορία γνωστό ως τα Στηλιτικά. Η δίκη για αυτό το σκάνδαλο άφησε την ελληνική κοινή γνώμη της εποχής εντελώς αδιάφορη για το αποτέλεσμα της, πέφτοντας οι εμπλεκόμενοι στα μαλακά.
