Η ολιγόχρονη περίοδος διακυβέρνησης του νεοσύστατου Βασιλείου της Ελλάδος από την ετερόδοξη Αντιβασιλεία, υπό την επίβλεψη για τα εκκλησιαστικά και εκπαιδευτικά πράγματα της χώρας, του προτεστάντη στο δόγμα αντιβασιλέα καθηγητή Georg Ludwig von Maurer (1790 – 1872) σημαδεύτηκε αρχικά με την άμεση εδραίωση της στυγνής πολιτειοκρατίας, ύστερα από την μονομερή ανακήρυξη του Αυτοκέφαλου το καλοκαίρι του 1833 και την αναγκαστική αποκοπή της σχισματικής πλέον Εκκλησίας στην Ελλάδα για σχεδόν 17 χρόνια από το Οικουμενικό Πατριαρχείο Κωνσταντινουπόλεως. Η αποκατάσταση των εκκλησιαστικών σχέσεων με την έκδοση του Συνοδικού Τόμου το 1850, συνοδευόμενου από την ύπαρξη όρων από πλευράς του Οικουμενικού θρόνου, για να προστατευθεί η Εκκλησία στην Ελλάδα από τις αυθαίρετες επεμβάσεις του κράτους, έγινε με απώτερο στόχο την εδραίωση της εσωτερικής της εκκλησιαστικής αυτοτέλειας, με κύριο άξονα το Κανονικό Δίκαιο.
Όμως, δυστυχώς δεν ευδοκίμησε η όλη αυτή προσπάθεια για μεγάλο χρονικό διάστημα. Η αντίδραση του αρχιμανδρίτη Θεόκλητου Φαρμακίδη (1784 – 1860) του θεμελιωτή της πολιτειοκρατίας και πρώτου γραμματέα της Ιεράς Συνόδου, υπήρξε καταλύτης όχι μόνο για την υποταγή αρχικά της Εκκλησίας στο κράτος, αλλά και της ακύρωσης στη συνέχεια, της όλης προσπάθειας από το Φανάρι (μετά από παράκληση της ελληνικής κυβερνήσεως) να λύσει αυτό το γόρδιο δεσμό. Η απομάκρυνσή του από τα διοικητικά του καθήκοντα δεν πτόησε τον Διαφωτιστή ιερωμένο. Το κράτος όσο ζούσε θα «ακουμπούσε» πάνω του. Στο προσκήνιο φαινόταν ότι «τιμωρήθηκε» για την στάση του, αφού δεν μπόρεσε να εκλεγεί ποτέ επίσκοπος. Η «ανταμοιβή» του αντικαταστάτη του αρχιμανδρίτη Μισαήλ Αποστολίδη (1789 – 1862) που ήταν ένας ήπιος συνομιλητής μεταξύ των δύο πλευρών, διπλωμάτης και ισορροπιστής της καταστάσεως, φάνηκε στη συνέχεια, όταν έγινε ο πρώτος νόμιμα χειροτονημένος αρχιερέας. Ο Θεόκλητος Φαρμακίδης δεν υποχώρησε ούτε για μία στιγμή από τις θέσεις του. Μπορεί ο Μισαήλ Αποστολίδης φαινομενικά να κέρδισε όμως, ο Φαρμακίδης νίκησε οριστικά, αφού η «πυξίδα» του για τη πορεία της Ορθοδοξίας στην Ελλάδα, υιοθετήθηκε σε ολόκληρη το βίο του εκκλησιαστικού οργανισμού, του ενός από τους δύο αρχαιότερους θεσμούς στην Ελλάδα.
. Μία από τις κλασικές παρεμβάσεις της Αντιβασιλείας ήταν η έκδοση σχετικού Βασιλικού Διατάγματος στις 29 Οκτωβρίου 1835 με το οποίο ανέθεσε στην «Ορθόδοξη Ανατολική Αποστολική Εκκλησία του Βασιλείου της Ελλάδος» τη σύνταξη «Εκκλησιαστικής Δικονομίας» η οποία θα εγκρίνονταν όταν ήταν ολοκληρωμένη υποχρεωτικά από την από την Αντιβασιλεία. Η Ιερά Σύνοδος ενημέρωσε με επιστολή της την αρμόδια Γραμματεία (δηλαδή υπουργείο) στις 4 Αυγούστου 1835, ότι θα συγκροτηθεί μια αρμόδια επιτροπή από ιερωμένους και νομικούς για να ασχοληθούν συστηματικά με το έργο αυτό. Η Ιερά Σύνοδος διευκρίνιζε ότι ως λύση του αδιεξόδου που είχε δημιουργηθεί, ήταν η συγκέντρωση με ιδιαίτερη προσοχή των Ιερών Κανόνων της Εκκλησίας, και την καταγραφής τους σε ξεχωριστά κεφάλαια για κάθε θέμα. Η εύστοχη αυτή ομολογουμένως προσέγγιση από την πλευρά των εκκλησιαστικών ανδρών, του τρόπου σύνταξης αλλά και του περιεχομένου του συγκεκριμένου υπό έκδοση νόμου, αποσκοπούσε στην άμεση προσήλωση κάθε ενδιαφερόμενου στο Κανονικό Δίκαιο της Ορθόδοξης Εκκλησίας. Ήταν μια εποχή που δεν υπήρχε πανεπιστήμιο στην Ελλάδα για να διακονούν το Κανονικό Δίκαιο οι Θεολογικές Σχολές όπως έγινε λίγο αργότερα, ενώ το μορφωτικό επίπεδο των ιερωμένων και των τριών βαθμών ήταν ακόμη πάρα πολύ χαμηλό. Μία από τις απειροελάχιστες εξαιρέσεις ήταν ο αρχιμανδρίτης Θεόκλητος Φαρμακίδης, γνώστης μεταξύ άλλων και της γερμανικής γλώσσας που αποτέλεσε το μεγάλο πλεονέκτημά του. Έτσι, η συλλογή από κάθε οικουμενική ή τοπική Σύνοδο όλων των κανόνων για κάθε ζήτημα, διευκόλυνε αφάνταστα όλους τους αρχιερείς και τους άμεσα εμπλεκομένους τόσο με τα διοικητικά όσο και για τα υπόλοιπα ζητήματα, όλων των εμπλεκομένων τόσο στον εκκλησιαστικό οργανισμό όσο και στον κρατικό μηχανισμό ώστε, να έχει κανένας άλλοθι και να επιμένει ότι δεν ήξερε το περιεχόμενο τους, αφού με την επιλογή του τρόπου αυτού, όλοι θα μπορούν να γνωρίζουν ανεξαιρέτως, με ακρίβεια όλους τους Κανόνες της Ορθόδοξης Εκκλησίας.
Όμως, παρά τις ευκαιρίες που έδινε αυτή η προσέγγιση της σύνταξης του υπό έκδοση νόμου, και της αποφυγής της παραγκώνισης των Κανόνων από τους νόμους του κράτους δεν αξιοποιήθηκε, αφού οι αλλεπάλληλες διχογνωμίες της αρμόδιας επιτροπής με την Γραμματεία φανέρωνε τους πραγματικούς σκοπούς της Πολιτείας. Η κατάσταση δεν βελτιώθηκε ούτε όταν στο θώκο της Γραμματείας επί των Εκκλησιαστικών τον Ρίζο διαδέχθηκε ο Πολυζωίδης. Στις 8 Ιουνίου 1837 θέλησε ο νέος γραμματέας να ενημερωθεί από τον πρόεδρο της επιτροπής, τον Αττικής Νεόφυτο Μεταξά (1762 – 1861) για την πορεία των εργασιών της. Ο έμπειρος και μπαρουτοκαπνισμένος αρχιερέας έδωσε μια αναπάντεχη απάντηση για «κρατικό λειτουργό»: «επράξαμεν μηδέν». Την αυτονόητη για κάθε εκκλησιαστικό άνδρα που σεβόταν τον εαυτό του απάντηση, ήταν αδιανόητη για κάθε πολιτικό ταγό που ήθελε την Εκκλησία στην Ελλάδα πειθήνιο όργανο του κράτους. Η νοοτροπία αυτή δεν θα εξέλιπε ούτε τον επόμενο αιώνα. Έτσι, αναγκαστικά με νέο αυτή τη φορά έγγραφό της η Γραμματεία ενημέρωνε την επιτροπή ότι έπρεπε ουσιαστικά να συνεχίσει το έργο της. Όμως, επειδή όλοι είχαν αντιληφθεί τις προθέσεις της Πολιτείας, τόσο ο πρόεδρος της επιτροπής Αττικής Νεόφυτος Μεταξάς και τα υπόλοιπα μέλη της παραιτήθηκαν, αφού δεν ήθελαν να συμπράξουν σε μια ακόμα αντικανονική ενέργεια εις βάρος της Ορθόδοξης Εκκλησίας στο Νεοελληνικό κράτος. Βέβαια, για ευνόητους λόγους πρόβαλαν την έλλειψη απαρτίας.
Η σημαντική αντίδραση απέναντι στον Φαρμακίδη και στην πολιτειοκρατική συνείδηση κάποιων κύκλων τοποθετείται τον Ιούλιο του 1839, όταν ο έλεγχος της Συνόδου είχε περάσει σε πατριαρχικούς αρχιερείς με πρωτεργάτη τον Κυνουρίας Διονύσιο και τους Μεσσηνίας Ιωσήφ και Γόρτυνος Ιγνάτιο. Σπουδαίο ρόλο είχε παίξει ο Κωνσταντίνος Οικονόμος ο εξ’ Οικονόμων (1780 – 1857) που κατάφερε να μεταπείσει και τον αρμόδιο υπουργό επί των Εκκλησιαστικών Γλαράκη. Η απόρριψη της αποκατάστασης του μητροπολίτη Ρόδου, που είχε απομακρυνθεί από τον Οικουμενικό Πατριάρχη, μαζί με την απόφαση του Απριλίου του 1839 από τη Σύνοδο για την απαγόρευση των γάμων των Ορθοδόξων με ρωμαιοκαθολικούς και προτεστάντες είχε στόχο την αναχαίτηση των Βαυαρών, ρίχνοντας παράλληλα γέφυρες στην τσαρική Ρωσία. Εξάλλου η άρνηση των εκκλησιαστικών ανδρών στην Ελλάδα να αποδεχθούν τις χειροτονίες επισκόπων χωρίς την απαιτούμενη έγκριση του Πατριαρχείου Κωνσταντινουπόλεως, ασκούσε την ανάλογη πίεση στην ελληνική κυβέρνηση. Η εκδημία των ελαχίστων αρχιερέων που είχαν απομείνει, φανέρωνε το αδιέξοδο που συνεχιζόταν.
Το ξέσπασμα της στάσης της Φρουράς των Αθηνών της 3ης Σεπτεμβρίου 1843, είχε ως βασικό σκοπό να ασκηθεί μεγάλη πίεση ώστε, αναγκασθεί ο βασιλιάς Όθωνας να δεχθεί η χώρα να αποκτήσει Σύνταγμα. Ο βασιλιάς τελικά δέχθηκε και έτσι, δημιουργήθηκε η ευκαιρία για την Εκκλησία να προωθήσει στην αρμόδια επιτροπή που έμεινε γνωστή στην Ιστορία ως «Η της Τρίτης Σεπτεμβρίου εν Αθήναις Εθνική των Ελλήνων Συνέλευσις» να φροντίσει να απαγκιστρωθεί από την αυστηρή επίβλεψη της Πολιτείας. Η μεγάλη ευκαιρία είχε δοθεί στην Εκκλησία της Ελλάδος για να εκφράσει τις θεολογικά, και ιστορικά τεκμηριωμένες απόψεις της. Με το έγγραφό της προς την επιτροπή στις 12 Νοεμβρίου 1843, δήλωνε την διαφωνία της, για μονομερή διοικητική και πνευματικής αποκοπή της από το Οικουμενικό Πατριαρχείο Κωνσταντινουπόλεως, και επιπλέον ζητούσε να αντιληφθούν όλα τα μέλη της, ότι πρέπει η διοίκηση της Εκκλησίας να στηρίζεται καθαρά στους Ιερούς Κανόνες. Λίγο αργότερα στις 23 Δεκεμβρίου 1843 η Σύνοδος μαζί με τους ιεράρχες που διέμεναν αναγκαστικά στο ελεύθερο ελληνικό κράτος, υπέβαλε «Γνώμη … εις το περί Θρησκείας Κεφάλαιον του σχεδίου του Συντάγματος».
Η Ιερά Σύνοδος προσπαθώντας να ευαισθητοποιήσει τους αρμόδιους άνδρες που είχαν αναλάβει το δύσκολο αυτό έργο και οι οποίοι ήταν παντελώς άσχετοι με τα εκκλησιαστικά ζητήματα παρότι κλήθηκαν να νομοθετήσουν για αυτά, τόνιζε μεταξύ άλλων ότι η Εκκλησία της Ελλάδος θα έπρεπε υποχρεωτικά «να υπάρχει δογματικώς και κανονικώς αναποσπάστως ηνωμένη μετά της εν Κωνσταντινουπόλει Μεγάλης του Χριστού Εκκλησίας». Όμως, η κυριότερη αξίωση της Συνόδου, ήταν η Εκκλησία στην Ελλάδα: «[…] θέλει αναγνωρισθή κατά την εκκλησιαστικήν διατύπωσιν υπό της εν Κωνσταντινουπόλει Μεγάλης του Χριστού Εκκλησίας, ως κέντρου απασών των ομοδόξων Εκκλησιών τη κοινή συσκέψει του Κλήρου της Ελλάδος και συνευδοκήσει της κυβερνήσεως».
Όλες αυτές οι σκέψεις έπεσαν στο κενό, αφού η υιοθέτησή τους θα σήμαινε την αποδέσμευση της Ορθοδοξίας στην Ελλάδα από την αναγκαστική υπαγωγή της στον κρατικό μηχανισμό. Ήδη, πολλές φωνές όπως αυτές του Κωνσταντίνου Οικονόμου εξ’ Οικονόμων (που ήρθε σε ευθεία σύγκρουση με τον κληρικό Θεόκλητο Φαρμακίδη) τη δράση της Φιλορθόδοξης Εταιρείας, του Κοσμά Φλαμιάτου, του μοναχού Χριστόφορου Παπουλάκου κ. α. από τη μια, και η νέα θρησκεία του Θεοσεβισμού του κληρικού Θεόφιλου Καΐρη, μαζί με τη δράση των ξένων ιεραποστόλων από την άλλη, είχαν δημιουργήσει εσωτερικά προβλήματα, που σε συνδυασμό με τον αδιάκοπο εναγκαλισμό της τσαρικής Ρωσίας με τον οικουμενικό θρόνο, η σταθερή πολιτειοκρατική στάση ήταν μονόδρομος. Η κατοχύρωση της ανεξαρτησίας της Εκκλησίας ήταν άπιαστο όνειρο σε όλη τη διάρκεια της βασιλείας του Όθωνα. Οι πολλές διενέξεις στο εσωτερικό υπό το βλέμμα των ξένων Δυνάμεων, με επίκεντρο της θρησκεία ολόκληρο τον 19ο αιώνα δεν άφηναν κανένα περιθώριο ελεύθερου εκκλησιαστικού οργανισμού. Μέσα σε αυτό το νέο πλαίσιο που δεν είχε ακόμα εκδηλωθεί το φαινόμενο του Πανσλαβισμού, που εγκαινιάσθηκε μετά τον Κριμαϊκό Πόλεμο (1856) ο πολιτικός Ιωάννης Κωλέττης θα εγκαινίαζε τη Μεγάλη Ιδέα που θα πρωταγωνιστούσε στα πολιτικά πράγματα μέχρι τη Μικρασιατική Καταστροφή το 1922, δίνοντας τη θέση της στη γενιά του ΄30 που θα αναλάμβανε να ποδηγετήσει την πνευματική ζωή του τόπου, και να «οριοθετήσει» τη θέση της Ελλάδος στην Ευρώπη μέχρι τη δεκαετία του 1980.
Μεγάλη βοήθεια στις επιδιώξεις τους, είχε η ανώνυμη έκδοση του σημαντικού πολυσέλιδου έργου του κληρικού Θεόκλητου Φαρμακίδη με τίτλο «Ο Συνοδικός Τόμος ή Περί Αληθείας» που έμεινε γνωστό στην Εκκλησιαστική Ιστορία της Ελλάδος ως «Αντίτομος» εκδόθηκε το 1852 και υπήρξε η θεωρητική θεμελίωση και η απάντηση όλων των οπαδών του πολιτειοκρατικού συστήματος, σε όσους επέμεναν στην καθιέρωση της αυτονομίας στην εσωτερική διοίκηση του εκκλησιαστικού οργανισμού, που αντλούσε επιτέλους, από τους όρους του Συνοδικού Τόμου του 1850. Ο προσανατολισμός του κράτους και η προσήλωση της Εκκλησίας της Ελλάδας στην Διακήρυξη της Αυτοκέφαλου του 1833 ήταν το ζητούμενο του συγγραφέα του «Αντίτομου», και όχι η εφαρμογή των όρων του Συνοδικού Τόμου του 1850. Παρά την καταδίκη του έργου του Θεόκλητου Φαρμακίδη από τη Σύνοδο, το βιβλίο του βρήκε τεράστια απήχηση από τα λαϊκά στρώματα, και αντέστρεψε το θετικό κλίμα και την αρχική ευφορία των πολιτικών, του κλήρου και του λαού. Ο Θεόκλητος Φαρμακίδης ως πνευματικός δημιουργός του πολιτειοκρατικού συστήματος, δεν έπαψε ποτέ να καθοδηγεί τους κρατικούς λειτουργούς για την εδραίωση του, στο νεοσύστατο μικρό βασίλειο. Μπορεί να παραγκωνίσθηκε ο ίδιος από τη θέση του και να αντικαταστάθηκε από τον αρχιμανδρίτη Μισαήλ Αποστολίδη καθηγητή της ελληνικής γλώσσας του νεαρού βασιλιά Όθωνα και αργότερα καθηγητού της Θεολογικής Σχολής του Οθώνειου Πανεπιστημίου, του πρώτου που εκλέχθηκε επίσκοπος μετά την αποκατάσταση των σχέσεων Αθήνας και Φαναρίου, όμως, ο Φαρμακίδης δεν τα παράτησε ποτέ.
Το αδιέξοδο που δημιουργήθηκε για τον κρατικό μηχανισμό που επιζητούσε τον ασφυκτικό έλεγχο της Ορθόδοξης Εκκλησίας στην Ελλάδα, δεν κράτησε για μεγάλο χρονικό διάστημα. Η μεθόδευση της Πολιτείας ήρθε με την απόρριψη του Συνοδικού Τόμου από τη Βουλή. Στη συνέχεια, η ελληνική κυβέρνηση με δύο νέους νόμους τους Σ΄ / 1852 και ΣΑ΄ / 1852 επαναφέρουν το πνεύμα του Αυτοκέφαλου του 1833 και επανατοποθετούν τον εκκλησιαστικό οργανισμό στην ίδια θέση που είχε ενταχθεί απλά από την αρχή ως ένας ακόμα μηχανισμός του κράτους. Η παραμονή του βασιλικού επιτρόπου στις συνεδριάσεις της Συνόδου ήταν ένα αδιαπραγμάτευτο σημείο και επαναλήφθηκε ξανά στη νέα νομοθεσία.
