Η Μονή Παναγίας των Αγγέλων Γουβερνέτου βρίσκεται 19χλμ βορειοανατολικά των Χανίων, στη βόρεια πλευρά του Ακρωτηρίου Μελέχας και κοντά στη Μονή της Αγίας Τριάδας των Τζαγκαρόλων. Η πρόσβαση γίνεται μέσω της μονής Αγίας Τριάδας, όπου και υπάρχει πινακίδα για το μοναστήρι. Βρίσκεται στην καρδιά της ορεινής τοποθεσίας Αρκουδοβούνια σε υψόμετρο 260μ, όπου υπήρχε ο έρημος οικισμός Γδερνέτο και πάνω από την είσοδο του φαραγγιού Αυλάκι Καθολικού.

Το μοναστήρι καθιέρωσε τη λατρεία του Αγίου Ιωάννη του Ερημίτη ή Ξένου που πέθανε κατά τον 11ο αιώνα σε σπηλιά μέσα στο φαράγγι Αυλάκι, αφού κάποιος κυνηγός τον σκότωσε με τόξο νομίζοντας ότι ήταν κάποιο ζώο. Ο ίδιος ο Άγιος Ιωάννης ο Ξένος θεωρείται από πολλούς ως ο ιδρυτής της μονής. Αυτό που είναι πιθανότερο να ισχύει είναι ότι το μοναστήρι ιδρύθηκε από μοναχούς της Μονής Καθολικού που συνέχισαν την ασκητική παράδοση του Αγίου Ιωάννη του Ξένου. Οι μοναχοί για να προστατευτούν από τους πειρατές που λυμαίνονταν τις ακτές της Μεσογείου εγκατέλειψαν την παραθαλάσσια μονή Καθολικού και κατέφυγαν σε ασφαλέστερη θέση, κτίζοντας ένα νέο οχυρωμένο μοναστικό συγκρότημα στη θέση προϋπάρχοντος ναού πριν το 1537, όπως μαρτυράει επιγραφή στην είσοδο. Η μονή το 1620 πέρασε στον έλεγχο της Μονής Αγίας Τριάδας Τζαγκαρόλων, όταν ο ηγούμενος Ιερεμίας Τζαγκαρόλος ανέλαβε την εποπτεία των έργων οικοδόμησης του συγκροτήματος. Ωστόσο οι εργασίες ολοκληρώθηκαν 2,5 αιώνες αργότερα, καθώς οι Τούρκοι κατέλαβαν στο ενδιάμεσο την Κρήτη.

Η μονή Γουβερνέτου αποτελεί μια από τις αρχαιότερες ενεργές μονές στην Κρήτη και παρά τις καταστροφές που υπέστη από τους Τούρκους, κυρίως το 1821 όταν σφαγιάστηκαν 8 μοναχοί της, συνέχισε την ακμάζουσα πορεία της. Είναι κτισμένη με φρουριακή αρχιτεκτονική, με τέσσερις πύργους να προστατεύουν τις γωνιές του ορθογώνιου περιβόλου και καταχύστρα πάνω από την κεντρική πύλη, από όπου έχυναν καυτό λάδι σε όποιον εισβολέα επιχειρούσε να παραβιάσει την είσοδο. Το καθολικό της μονής, που κτίστηκε στη θέση μικρού μονόχωρου ναού, ολοκληρώθηκε το 1894 με την προσθήκη του νάρθηκα και των παρεκκλησίων. Είναι αφιερωμένο στην Παναγία, γι’ αυτό ονομάζεται και Μονή Κυρίας των Αγγέλων. Έχει σταυροειδές σχήμα και τρούλο, ενώ η είσοδος της είναι διακοσμημένη με ανάγλυφες αναπαραστάσεις από μάσκες.

Γύρω από το καθολικό της μονής, που βρίσκεται στο κέντρο της αυλής, υπάρχουν τα υπόλοιπα κτίρια του συγκροτήματος με τα κελιά. Δίπλα στη εκκλησία υπάρχουν δύο παρεκκλήσια αφιερωμένα στους Αγίους Δέκα και στον Άγιο Ιωάννη τον Ερημίτη. Χαμηλά στη νότια πτέρυγα υπάρχουν θολωτές αποθήκες και στον όροφο μεγάλη τράπεζα με οξυκόρυφο θόλο και τα μαγειρεία. Παλαιότερα υπήρχε το παρεκκλήσι του Αγίου Προκοπίου στο κοιμητήριο, αλλά κατεδαφίστηκε μαζί με ολόκληρη την πτέρυγα.

Στο μικρό μουσείο υπάρχουν αξιόλογες εικόνες και κειμήλια που διασώθηκαν από τις πολλές καταστροφές που έχει υποστεί το μοναστήρι, όπως η εικόνα της Παναγίας της Γλυκοφιλούσας του 15ου αιώνα και τα βημόθυρα του 16ου αιώνα με νεκρικά θέματα από τον Άγιο Προκόπιο. Επίσης αξιόλογες είναι οι εικόνες από το βίο του Αγίου Ιωάννη του Ερημίτη που ιστορήθηκαν στο μοναστήρι και αποτελούν από μόνες τους ένα νέο τύπο εικονογράφησης.

Από το μοναστήρι ξεκινάει το πλακόστρωτο μονοπάτι για την επιβλητική Μονή Καθολικού, το οποίο συνεχίζει και κατηφορίζει μέχρι τη θάλασσα. Κοντά υπάρχει το μικρό μετόχι του Αγίου Αντωνίου, ενώ μετά από 20 λεπτά κατάβασης συναντάει κανείς τον Αρκουδόσπηλιο, λίγο πριν καταλήξει στην ερειπωμένη Μονή Καθολικού και το σπηλαιώδη ναό του Αγίου Ιωάννη του Ξένου, όπου εκοιμήθη κατά την παράδοση. Λίγα λεπτά παρακάτω, το φαράγγι καταλήγει σε ένα στενό φιόρδ με καταπράσινα νερά, όπου υπάρχουν ίχνη μικρού τερσανά που προφανώς οι μοναχοί επισκεύαζαν ή φύλαζαν τις βάρκες τους.